一、下达指标
根据国家的和省政府下达的基本农田保护区调整划定任务指标，市县（市、区）要层层分解下达到各乡镇、村委会，落实到地块。
二、组织工作
县级人民政府成立了基本农田保护工作领导小组，基本农田保护区调整划定工作在县级人民政府统一组织领导下，由县级人民政府土地行政主管部门会同农业行政主管部门组织实施，以乡、镇为单位开展。县级人民政府土地行政主管部门和农业行政主管部门成立专门的基本农田保护区调整划定工作班子，做到工作方案和计划周密，专项经费落实。乡级人民政府在县级人民政府的统一组织领导下，有专门力量负责做好对本行政区域内的基本农田保护区调整划定工作的具体组织和落实。
三、调查核实
土地利用总体规划修编完成后，从实际需要出发，对照土地利用总体规划图与基本农田保护指标，对原基本农田保护区进行核查，看是否掌握了基本农田变动情况；实地核实基本农田保护区范围是否符合规划、划定面积是否符合上级规划的指标要求、划入范围的地类和地块图斑是否与实地一致。发现实际情况与规划不相符合的，须进行及时调整纠正。
四、调整划定
根据乡级土地利用总体规划图和调查核实情况，绘制乡级（或村级）基本农田保护图，基本农田保护面积不低于土地利用总体规划确定的指标并落实到地块；在基本农田保护图上，标出地块位置编号（以上内容在乡级土地利用总体规划图中可直接反映的，也可不再绘制乡级基本农田保护图）。乡镇填写基本农田保护地块和面积登记表，县级填写基本农田保护面积汇总表。做到图、表与实际情况相符。
基本农田保护期限和基础数据做到与土地利用总体规划的规划期限和基础数据相一致。基本农田保护区调整划定工作适应农业生产结构调整、生态环境保护和大型基础设施建设的需要。
《基本农田保护条例》第二条规定的耕地，特别是根据土地利用总体规划，铁路、公路等交通沿线，城市和村庄、集镇等周边地区没有规划为建设用地的耕地，优先划入基本农田保护区。同时，土地利用总体规划确定的建设用地区和需要退耕还林、还草、还湖的耕地，预留在基本农田保护区外。有条件的地区采用微机制图和微机化管理。
五、建立标志
主要交通沿线、城市和村庄、集镇周边集中连片的基本农田保护区须建立明显保护标志。保护标志的设立须符合经济、实用、整洁、美观的原则，讲求实际效果，保持常年清晰。标志也可利用原有基本农田保护牌。乡级基本农田保护图由当地人民政府在明显位置向社会长期公告。
六、建立档案
县级人民政府土地行政主管部门和乡级人民政府建立基本农田保护区调整划定工作成果档案，并抄送同级农业行政主管部门。做到有关图、表和文字报告齐全，乡级基本农田保护图、县级基本农田保护汇总表上报地（市）级和省级人民政府土地行政主管部门备案。档案资料管理须符合基本农田保护日常管理的需要。
七、建章立制
基本农田保护区调整划定工作完成后，按照有关规定建立健全基本农田保护的各项规章制度。
八、成果验收
按照验收基本要求与内容，采取自下而上与自上而下相结合的方法进行。
（一）自查
基本农田保护区调整划定工作完成后，由县级人民政府组织开展自查。自查完成后，县级人民政府向地（市）级人民政府土地行政主管部门和农业行政主管部门提出验收申请。
（二）初验
地（市）级人民政府土地、农业行政主管部门接到验收申请后，组织对基本农田保护区调整划定工作的各项内容与成果进行初验。对申请验收县（市）的基本农田保护区调整划定情况，要进行实地查验，实地查验面积不低于30%。符合要求的，向省级人民政府土地、农业行政主管部门提出申请，并将初验意见和申报的有关材料一并上报。
（三）复验
省级人民政府土地、农业行政主管部门在接到验收申请后，组织验收组，对初验成果进行复验，对重点地区，要进行实地抽查。经验收不合格的，应提出整改要求，限期纠正并重新组织验收。
（四）公布
验收合格后，由省级人民政府土地行政主管部门下发验收合格的通知或证书，并通过媒体进行公布。
（五）总结
验收结束后，地（市）级土地、农业行政主管部门应认真进行总结，并将基本农田保护区调整划定工作情况和验收结果报同级人民政府和上一级土地、农业行政主管部门。