1945年9月2日，日本外务大臣重光葵和参谋总长梅津美治郎在“密苏里号”战列舰上代表天皇和陆海军部签署无条件投降书，标志着远东国际军事法庭审判战犯的序幕拉开。1946年1月19日，麦克阿瑟颁布《特别通告》和《远东国际军事法庭宪章》，东京正式成立法庭，开始对28名甲级战犯进行审判，包括东条英机等知名人物。
审判从5月3日开始，持续两年多，共开庭818次，涉及419名证人和4336份证据。1948年11月12日，长达1231页的判决书宣读完毕，认定日本在1928年至1945年间的内外政策旨在侵略。审判结果分四个阶段：
结局一：东条英机等7人被绞死，如南京大屠杀主犯谷寿夫；结局二：8名战犯获无期徒刑，如铃木启久；结局三：部分战犯被宣布“无罪”或赦免，如冈村宁次；结局四：“东山再起”，如甲级战犯岸信介获释放并担任公职。
值得注意的是，审判并非所有战犯都受到公正处理，部分因政治因素被从轻处理，甚至免于追究。中国军事法庭对侵华日军的处理也受到了国内政治影响。1956年，中国政府根据战犯的表现，陆续宽释了在押战犯，一些战犯甚至重新获得政治地位。
远东国际军事法庭由中国、苏联、美国、英国、法国、荷兰、加拿大、澳大利亚、新西兰、印度、菲律宾各1名法官组成，共11名；11国又各派检察官1人。澳大利亚法官 W·F·韦布任庭长，美国律师J.基南任检察长。