国家并未规定农村自建房的最高高度及层数
《城乡规划法》第四十一条规定在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设的，建设单位或者个人应当向乡、镇人民政府提出申请，由乡、镇人民政府报城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
在乡、村庄规划区内使用原有宅基地进行农村村民住宅建设的规划管理办法，由省、自治区、直辖市制定。
在乡、村庄规划区内进行乡镇企业、乡村公共设施和公益事业建设以及农村村民住宅建设，不得占用农用地；确需占用农用地的，应当依照《中华人民共和国土地管理法》有关规定办理农用地转用审批手续后，由城市、县人民政府城乡规划主管部门核发乡村建设规划许可证。
建设单位或者个人在取得乡村建设规划许可证后，方可办理用地审批手续。
所以建房时，要在审批的规划范围内进行建设，只要在规划范围内，建几层都可以。
自建房申请手续：
一、农村居民申请宅基地的条件
农村居民申请宅基地必须符合下列条件：
一是农村居民年龄必须年满十八周岁且符合分家条件；
二是农村居民建房必须符合土地利用总体规划和土地利用年度计划及村镇建设规划；
三是农村居民建房限额标准，宅基地的面积标准为：使用耕地的，最高不超过120平方米；使用其他土地的，最高不超过140平方米，山区有条件利用荒地、荒坡的，最高不超过160平方米。
四是农村居民建房必须“一户一基”；五是农村村民在出租，出卖原有的宅基地再申请宅基地的不予批准；六是严禁非农户和其他人员在本村购买宅基地。
二、农民建房应当遵循的原则
农村居民建房应当使用原有的宅基地和村内空闲地，能够利用劣地的不得占用好地，能够占用荒地的不得占用耕地，使用国有土地的必须办理出让手续。
三、农民建房申请宅基地的审批程序新
1、农村村民建住宅，首先向集体经济组织提出申请或城管部门提出申请；
2、村集体经济组织对申请建房户在醒目的地方进行张榜公示(15个工作日以上)；
3、国土资源管理所及镇社会事务办公室到实地对申请人是否符合条件，拟用地是否符合规划等进行初审；
4、公布期满无异议后，将符合“一户一基”条件的用地户按规定报乡镇人民政府审核后，报县人民政府审批(占用农用地的按规定报市政府办理农用地转用审批手续)。
5、宅基地批准后，国土资源所及镇社会事务办公室到实地批放宅基地，并发放选址意见书，规划许可证，施工许可证(“一书两证”)。
6、村民住宅建成后，国土资源所到实地检查是否按批准面积和要求使用土地，对符合要求的建房户核发集体土地使用证书。
7、村民凭土地使用证及规划许可证申请办理房屋所有权证。
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