一方能否用超过诉讼时效期间的债权作为主动债权抵销对方未超过诉讼时效期间的债权，我国合同法对此未作明文规定。在学理上，大致可分为否定说和肯定说两种观点。
否定说认为，超过诉讼时效期间的债权不得作为主动债权而主张抵销。理由是主张抵销的债权人之所以可以“强制地以他人财产供自己之用”，是因为合法债权本身就具有“法律上之请求力”。这构成了抵销具有强制性的根据，因此，法律为节约交易成本，允许通过抵销之方式实现其债权。显然，这一权利的行使，需要以“法律上之请求力”即可强制性为前提。已过诉讼时效之债权，已经失去其法律上之请求力，故其债权人不具有强制地以他人财产供自己之用的权利，不得作为主动债权进行抵销。被动债权人如果可以主张抵销，则无异于强迫对方履行自然债务，此时被动债权人通过抵销不仅实现了债权，而且优先实现了债权，使法律规定的诉讼时效制度形同虚设，事实上保护了躺在权利上睡觉的人，损害对方当事人的时效利益。但如果被动债权已过诉讼时效期间，则可用抵销。于此场合，可认为债务人抛弃了时效利益。
肯定说则认为，超过诉讼时效期间的债权虽不能强制履行，但可以用来抵销债务。乌尔比安在《论萨宾》第30编中认为：“甚至自然之债也可以进行抵销。”理由是：超过诉讼时效期间的债权所丧失的仅仅是胜诉权。胜诉权的存在是以有实体法规定的请求权为前提，或者说在诉讼中请求权具体表现为胜诉权。只要根据实体法的规定存在真实的请求权，那么其诉讼请求必然会得到满足，成为胜诉的一方。实质意义上的诉权即为请求权。请求权与债权既有联系——债权通常为请求权存在的基础和前提，而请求权既是债权的主要内容，又是实现债权的法律手段。同时，二者又有区别——债权与请求权并非从同一角度对权利进行划分，请求权仅是从权利的作用上对权利性质的一种界定；请求权并非债权特有的内容，物权、人身权和知识产权等均可形成相应的请求权；债权的权能除了请求权外，还有代位权、抗辩权、撤销权、抵销权、解除权等。抵销、转让、自然债质押、抛弃等不需附加任何额外行为，应为自然债本身的处分权能所涵盖。另外，胜诉权属公力救济的范畴，而抵销则是当事人不借助诉请及强制执行而直接地自力实现债权，即抵销权属于自力实现权能和处分权能的范畴。
在比较法上，自然债权是实体法上不得强制履行的债权，一般不得作为主动债权主张抵销，但如果存在“适于抵销”的情形则例外。如德国民法典2001年修订前第390条规定：“有抗辩权与其相对抗的债权，不得用作抵销。时效完成的债权，在可用其抵销另一项债权时，时效尚未完成的，时效完成不排除抵销权。”修订后第215条规定：“在最早可抵销或者拒绝给付的时刻，请求权尚未完成消灭时效的，消灭时效的完成，不排除抵销和对留置权的主张。”日本民法典第508条规定：“因时效而消灭的债权，如果于其消灭之前适于抵销，其债权人可以实行抵销。”我国台湾地区“民法典”第337条规定：“债之请求权虽经时效而消灭，如在时效未完成前，其债务已适于抵销者，亦得为抵销。”
在“适于抵销”的情形中，各国对抵销权的行使和生效方式的规定存在立法政策上的差异。法国民法典第1290条规定：“债务人双方虽均无所知，依法律的效力仍可发生抵消；两个债务自其同时存在之时起，于同等数额的范围内互相消灭。”因为在一般情况下，一旦当事人知晓与其债权人互负债务，作为债务人而言，其已有债务解脱感；作为债权人而言，其已有清偿保障，自然无需再以意思表示。而英美法系基于保护债权人利益的考虑，不承认无关联性抵销的自动救济，不允许诉讼外抵销。而德国法则是二者的折衷，其允许诉讼外的抵销，但以债务人意思表示为要件。 超过诉讼时效期间的债权能否允许作为主动债权主张抵销，对这一问题不应简单化地用是或否来回答。在我国法律和司法解释未作明确规定之前，法官应当在借鉴国外相关做法的基础上，根据法理精神和法律原则，通过严格的逻辑推理，并运用价值衡平的分析方法，做出符合公平正义观念的和我国市场经济实际情况的判决。
(一)诉讼时效对债权实现的本质影响——债务人的自愿
超过诉讼时效期间的债权变为自然债权，国家不再通过强制手段迫使债务人履行。相应地，债务人获得了时效利益。但是，如果债务人自愿履行的，则债权人仍有受领权，债务人不得以超过诉讼时效期间为由要求债权人返还。可见，债权人实现自然债权的唯一合法路径是债务人自愿履行义务，自愿放弃时效利益。可以说，债务人的自愿履行是自然债权合法实现的不可逾越的界限，也是判断债权人实现自然债权是否合法的标准。除非债务人自愿(不论是否出于无知)，债权人通过其他任何方式实现自然债权的企图在法律上都是不能支持的。这当然包括通过所谓的抵销权。抵销权实际上是债的履行的一种特殊方式。虽然抵销权作为形成权不同于请求权，但是，对自然债权而言，这两者并无区别。由于主张抵销一方只要为抵销的意思表示，就发生抵销的法律效力，而不论被抵销一方的意思如何，因此，对被抵销的一方而言，抵销具有强制性，“抵销权亦可称为强制的利用权，即强制地以他人的财产供自己利用的权利。”自然债权的实现只在债务人的履行是出于自愿还是被迫为之两种情形下才有讨论的意义。抵销权作为形成权与请求权相比只是权利行使的方式不同，二者在最终的权利实现结果上并无本质区别。如果在法律上允许一方用自然债权抵销对方的债权，实际上是在变相地强制未过诉讼时效的债权人履行自然债务。对缺少胜诉和强制执行可能性的债权赋予抵销可能性，其本身在逻辑上是矛盾的。
(二)效率与公平——诉讼时效和抵销权的价值冲突
诉讼时效制度的本质是通过对权利人的权利行使进行一定程度的限制，从而实现社会和经济稳定、均衡发展的目的。也就是说，诉讼时效的主要价值目标是效率，实现效率价值的机制是通过有条件地牺牲权利人的实体权利为代价的。超过诉讼时效期间，则债权人丧失胜诉权，债权陷入“听债务人由命”的自然状态。而债务人则获得了免予被强制履行的消极利益。诉讼时效制度的目的不是处罚权利人不及时行使请求权的行为，更不是保护义务人不履行义务的行为。其法律价值主要是督促权利行使、防止权利睡眠和证据灭失。诉讼时效制度维护效率价值的前提是以一定程序地牺牲实质正义为前提的，是以有条件地牺牲权利人的利益为代价的。故如何把对正义价值和效率价值的追求有机地结合在一起，最大限度地实现有限资源的价值最大化，是我们当前理解和适用诉讼时效制度的关键之所在。
作为省略式债务清偿方法的抵销制度基本的原始价值也在于效率——债权人自助地自己满足自己的债权，简化清偿手续，降低履行成本。随着现代商业的巨大发展和交易风险的急剧增加，抵销制度有了更重要的价值——公平。两个债权互相起着担保作用，每一个债权人均以自己的债务作为担保，这在实质上是一种优先性留置权，允许债权人在未经法院判决的情况下即可将己方对对方的债务作为“担保物”据为已有。发动抵销的债权人不但可以通过抵销来免除己方的清偿义务，避免债权安全困境(这里有市场发育不完善的问题，有经济形势发生变化带来的问题，有政策上的原因，有道德风险的因素，也有法律制度和司法工作中的问题)，而且还可以规避与其他债权人的债权竞合。在我国法律制度对债权的保护面临重重困难，债权人缺乏有效地自行救济的手段的情况下，抵销权就是一种担保利益。同时，抵销权仅存在于互负债务、互享债权的特定当事人之间，不涉及第三人利益。其行使亦无需任何一方作额外的付出，没有加重任何一方的负担。同时，作为形成权，其本身并不受诉讼时效的限制。因此，过于强调时效利益，不加区分地一概否认自然债权人的抵销权势必使当事人之间的权利义务失衡。 诉讼时效体现的是法律的效率价值，在客观效果上向债务人的利益倾斜。而抵销权则侧重于便利和保障债权人权利的实现。当二者在实践中发生冲突的时候，我们应当牢牢把握两种制度的精髓，运用价值衡平的方法，实现双方当事人利益保护的均衡。一方面，一方因对方债权超过诉讼时效期间而获得的时效利益应予保护，超过诉讼时效期间的债权不得作为主动债权主张抵销。另一方面，在两个债权时效期间存在重合的情况下，一方因行使抵销权而获得的既得利益应予尊重，不因事后债权罹于消灭时效而受影响。
借鉴德国、日本和我国台湾地区的通行做法，我们认为，如果双方当事人互享的债权在诉讼时效期间上存在重合，即己方享有的债权在其尚处于诉讼时效期间之内时，对方对己方亦产生了债权，且己方曾向对方做出了抵销的意思表示，则即便后来己方的债权因超过诉讼时效期间而成为自然债权，己方作为自然债权人仍可行使抵销权。这是因为法定抵销权是形成权，只需通知对方即可生效，不必征得对方同意，亦不限于通过诉讼行使。抵销权行使后，双方对等数额的债权因抵销而绝对消灭，且消灭效力溯及到抵销权发生之时，此后的利息也一并消灭。即便随着时间的流逝，主动债权变为自然债权，而被动债权可能仍在诉讼时效期间之内，主动债权人所享有的抵销权和抵销的效力仍不受影响。
