广元市食品药品监督管理局根据其职责设立了多个内设机构，以确保高效地履行市场监管和公共服务职能。以下是其中的主要部门及其职责：
1. 办公室（政策法规科）：负责日常政务管理，包括会议、文电、机要事务、统计、档案、安全、信访、保密、史志等工作。此外，还承担新闻宣传、信息采集和应急管理的协调，以及信息公开和后勤保障工作。他们还负责处理人大建议和政协提案，监督行政执法，审核规范性文件，并处理行政复议、诉讼和调解事务。
2. 食品安全监管科：主要负责消费环节食品安全的监督管理，确保实施相关管理规范，进行状况调查和监测，并处理食品安全事故，打击相关违法行为。
3. 保健食品化妆品监管科：负责保健食品和化妆品的卫生监管，监督实施相关管理规范，进行安全监测与评价，发布安全信息，并处理质量安全事故和广告审查工作。
4. 医疗器械监管科：负责医疗器械的标准和分类管理，监督生产和质量管理工作，进行评价性抽查检验，以及应对重大灾疫情和突发事件的应急处理。
5. 药品安全监管科：监督药品生产、流通和使用环节的标准，管理处方药和非处方药，进行不良反应监测，负责特殊药品的应急处理。
6. 药品市场监督科：负责药品流通环节的法规执行，监督药品经营，监管中药材市场，负责互联网药品交易，以及重大疫情应急处理。
7. 行政审批科：负责相关行政审批事项的承办。
8. 财务科：负责财务管理、会计核算，资产管理，专项经费管理和内部审计。
9. 人事科：负责机构编制、人事管理、劳动工资和离退休人员服务，以及执业药师资格考试培训与管理工作。
最后，监察室作为市监察局的派出机构，负责对派驻部门进行行政监察。