成立于1928年的省立安徽大学在1935年设立了农学院；
1936年7月农学院设立农业经济系，并于当年招收农业经济学专业学生20名。
1937年抗日战争爆发后，随着省立安徽大学停办，20名农经专业学生也全部流失。
1954年安徽农学院在合肥独立建院，在农学系设立了农业经济教研室，主要承担全院各专业农业经济、统计类课程教学，并参与省委、省政府相关部门组织的农村经济、农业政策方面的调研工作。
1979年安徽农学院成立农业经济系筹备组，1980年正式恢复建立农业经济系，设置了农业经济管理本科专业，当年招收35名本科生；1990年设立农业经济管理硕士学位点。
2001年农业经济系更名为经济与管理学院，农业经济管理学科被遴选为省级重点学科。
2004年6月安徽农业大学校内学科调整，将原经济与管理学院划分为管理科学学院和经济与贸易学院两个学院。管理科学学院以原经济与管理学院的主干学科、专业为基础，汇集分布在全校其他各院的管理学类专业而组成，包括6个本科专业（农林经济管理、农村区域发展、信息管理与信息系统、旅游管理、土地资源管理、公共事业管理）和2个硕士学位点（农业经济管理、技术经济及管理）；经济与贸易学院则由原经济与管理学院的经济类专业、学科组成，包括2个本科专业（金融学、国际经济与贸易）和1个硕士学位点（产业经济学）。
2004年7月~2010年2月，管理科学学院已发展到具有9个本科专业（2004年增设财务管理、2005年增设市场营销、2007年增设会计学）和4个硕士学位点（2006年增设林业经济管理、土地资源管理）1个专业硕士学位点（2004年增设农业推广-农村与区域发展专业领域）；经济与贸易学院发展到具有4个本科专业（2005年增设经济学、2007年增设保险学）和1个硕士学位点。
2010年3月，在安徽农业大学新一轮学科调整中，经济与贸易学院和管理科学学院重新合并为经济管理学院。该校经济管理学科开始了由规模扩张向内涵发展的战略转变。
