3.3.1 公益性地质工作
3.3.1.1 公益性地质调查缺乏长效机制
公益性地质工作投入缺乏长效机制。公益性地质调查队伍缺乏经常性的工作经费，人员经费和公用经费严重不足，装备费缺乏经常性的更新机制，不利于地质工作的长期、稳定发展。人员经费和公用经费严重不足导致收入分配过分依赖项目经费，直接影响到公益性地质调查成果对社会公开服务的动力机制；设备陈旧、离退休人员包袱沉重、医疗费不足等影响了地质调查工作的正常运行。这些问题有的通过自身努力可以解决，但很多问题的解决受国家事业单位改革进程的限制，需要有一个根本性的改革和调整。
3.3.1.2 公益性地质工作队伍亟待建实建强
目前我国公益性地质调查体制、机制不能适应新形势的需要。中央公益性地质调查队伍亟待建精建强，省级公益性地质队伍尚待建实完善。中央和省级公益性地质工作目前尚没有建立统一规划部署、统筹协调的机制。中央财政对公益性地质工作“大包大揽”，影响了地方财政投资公益性地质工作的积极性。在公益性地质工作的投入方面，中央和地方公益性地质工作没有明确的分工，往往造成国家财政资金重复投资和浪费。省级公益性地质队伍建设进展缓慢。由于各地实际情况不同，有些省级地质调查机构建设已有实质性的进展，但大部分没有做实，全国2/3的地质调查院处于非实体或半实体状态。
3.3.1.3 地质资料开发利用与服务存在机制政策瓶颈
我国公益性地质资料由于受到信息化程度低、地理涉密、部门利益等因素的制约，开放利用程度不高。地质资料汇交难，地质资料的开发利用与服务远远不能满足社会公众对地质信息的需求。与社会需求和发达国家的情况相比，面向产业部门和公众的服务方式、服务能力远远不够。
目前资料汇交管理和服务工作中存在许多问题，投资者对“公益性地质不公益”的现象反映强烈。由于政策法规不配套，大量基础地质资料无法向社会提供公开利用。欠交地质资料数量较多，资料馆藏机构信息资源不足。地质资料汇交管理工作尚未到位，没有建立起有效的汇交管理监督体系。地质资料生产单位没有按有关规定及时、保质地汇交资料。大量地质资料没有及时汇交，造成资料馆藏机构没有充足、最新的权威数据。资料馆藏机构体制不顺。一些地质大调查项目承担单位只向中国地质调查局资料管理部门汇交资料，而没有按《地质资料管理条例》的规定向政府部门汇交资料。地学数据库管理和服务水平不高。数据信息分散管理，形成信息孤岛，存储、维护、服务所依赖的技术、系统大量异构，标准化程度低，大大增加了数据信息的管理和成果应用的难度。分散的数据组织管理模式导致信息共享程度低、资源浪费等问题。资料馆藏机构的资料库房、装具、现代信息技术装备等基础设施水平普遍较差，资料保管条件差，通过网络提供服务的能力不强。受馆藏机构工作人员数量、素质等自身条件的限制，难以深入开展地质资料的综合研究。对现有的成果不能及时向社会发布，相关需求不能及时满足，服务水平低，只能维持日常工作，不能适应现代信息技术给资料工作带来的巨大变化。
3.3.2 商业性矿产资源勘查
3.3.2.1 传统运行机制惯性很大
在计划经济体制下把矿产勘查长期与矿业分离，以地勘费的核销制度和地质成果的无偿使用为特点，形成“国家出资-地勘单位找矿-矿山企业开矿-国家再出资找矿”的运行机制，强调“为国家找矿”。因此，往往习惯上把矿产勘查完全当做是地质工作的一部分，无论从管理体制还是投入机制上都习惯于依赖地质工作事业机制运行。在当前的转型时期，这种传统的运行机制的惯性依然很大。实际上，矿产勘查都应是矿业再生产不可缺少的环节。通过后续的矿业销售收入取得回报、实现扩大再生产，是实现矿产勘查投资良性循环的根本途径。因此，只有把矿产勘查当成矿业的一部分，才能从根本上解决地质工作同它的服务对象的结合问题。
3.3.2.2 政策法规亟待完善
《矿产资源法》规定，国家征收矿产资源补偿费体现所有者的权益，凭国家政治权力征收矿产资源税；征收探矿权使用费和采矿权使用费体现有偿取得探矿权、采矿权。由于中央没有统一的探矿权、采矿权有偿出让收益的征收、处置办法，所以各级地方政府将收益自行分割处置，一般市县得70%，省（区）得30%。矿产资源国家所有者的权益并没有得到体现。现行《矿产资源法》及相关法规的许多内容已经不能适应市场经济发展的要求。目前在推进矿产资源市场化改革中出现的一些热点问题，难以在现行法律法规中找到解决的法律依据。一是对矿业权在理论上有不同认识，集中表现在对矿产资源所有权、使用权及其关系有不同认识这一点上，使实践中解决“产权明晰”问题十分困难。二是对国家出资勘查形成的矿业权的权益归属之争激烈。三是市场准入退出机制及探矿权的招拍挂方面没有具体的法律规定，主管部门与不同利益主体之间从认识到实践歧见较大。四是对矿产资源主管部门在探矿权、采矿权市场中的地位和作用尚无明确的法规规定。五是探矿权人的权益保护法律规定也不明确。
3.3.2.3 市场主体改革滞后
鉴于我国矿产勘查的现实情况，原国有地勘单位和国有矿山企业构成我国矿产勘查市场的两个重要主体。目前的国有地勘单位事业型地勘体制基本框架仍未改变，矿产勘查也没有作为产业来运作。地勘单位在承担地质大调查等公益性地质工作的同时，也承担了大量商业性的地质工作。受投资能力的限制，地勘单位虽登记了大量勘查区块，但投入很少，占而不探，客观上阻碍了商业性矿产勘查市场的发育。另一方面，许多国有矿山企业至今没有把矿产勘查当成企业持续生产的一个不可缺少的生产流程，而仍希望政府给予解决。江西德兴铜矿2003年的销售收入105亿元，所属6个矿山有5个后备资源紧张，但每年只拿出260万～280万元搞生产探矿。这种传统的依赖国家提供矿产地的习惯心态，对商业性矿产勘查的发展十分不利。近年来，民营矿业企业得到了很大的发展，已成为市场主体之一，但规模大、技术先进、运行规范的企业还比较少。大部分是小型企业，运作不规范的负面影响较大。矿产勘查对内对外开放滞后，新的市场主体难以形成，不利于形成有活力的勘查市场。
3.3.2.4 良好的投资融资环境尚待建立
由于矿业权保证程度低，税费混乱，中央和地方政策不协调，矿业活动与土地使用不协调，地方保护主义等现象的存在，我国矿业投资环境总体并不理想。在矿业权的权益保障上，矿业权的法律地位不明确，财产权地位难以落实。矿业权与相邻权利冲突，缺乏保障。如关于探矿权人优先获得采矿权的规定，在实际运作中受到质疑。探矿权人无法保证获得采矿权，对勘查的收益预期不明确。而对于“优先权”，有些地方政府将其理解成同等“价款”的优先，即探矿成功之后还要政府主管部门拍卖，价优者优先，更增加了投资者的顾虑。
3.3.2.5 市场体系和运行机制尚待健全完善
商业性矿产勘查缺少一个规范有序的市场运行环境。矿业权市场不发育，主要表现是：一级市场活跃，二级市场不发育。由于政府通过行政权力确定、批准、运作矿业权，特别是运用资源补偿费，通过招拍挂出让矿业权，实质上形成了对市场的操纵和垄断。其中，由政府出资形成矿业权的“再出让”，从理论上说，已经不属于一级市场，而是二级市场。政府对二级市场的过多干预，必然影响矿业权市场的正常发展。有的省几乎用一级市场完全代替了二级市场，使市场的作用受到严重束缚，不利于市场的健康发展。
矿产勘查市场上一个重要的要素市场——勘查资本市场的缺位也是当前勘查市场不发育的重要表现。云南省地勘局组建的产权多元的矿产勘查公司准备上市，但经过多年运作始终未果，原因就在于矿产勘查风险大，矿业权评估和勘查投入资本化难以得到社会的广泛认可，在政策制度层面存在诸多障碍，所以很难筹集资金。这种勘查资本市场的缺位，正是我国风险较大的普查评价投入不足的深层次原因。
围绕矿业权市场正常运作的中介服务也不健全。中介机构资质管理不严，缺乏行业自律；评估方法欠合理；特别是评估本身受到多方干扰，随意性很大，缺乏公正性。其他各种咨询业务基本处于空白。加之公益性地质信息的披露很不充分，各个矿业权人之间和矿业权人同矿业资本投资者之间，缺乏必要的信息沟通，严重影响了市场作用充分、全面的发挥。我国中介机构独立性不够，缺乏法律约束和诚信，以追求利益最大化为目标，也是存在的突出问题。
3.3.2.6 一些行政审批欠规范
现行矿政管理不能适应商业性矿产勘查市场发展的需要，一些行政审批不规范，存在地方保护主义；地方政府掌控资源、配置资源、追求权益的现象严重；政府参与经营，使得资本性投入和非资本性投入并存，对市场的规范和社会投资的进入都产生了很大的负面影响。当前，政府掌控矿业权，特别是掌控初级探矿权，具有普遍性。具体表现为：随意增设行政许可，勘查登记多级审查，层层设障；矿业权招标拍卖挂牌运行不规范。
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