中共高邮经济开发区工作委员会和高邮经济开发区管理委员会作为高邮市委、市政府的派出机构，在江苏省高邮经济开发区行使全面的领导职责。该机构设有以下七个部门，分工明确，共同推动区域发展。
首先，党工委（管委会）办公室主要负责全局的综合协调工作，包括党建、精神文明建设、宣传信息、人事管理、文秘公文处理、督办事务、档案管理和后勤保障等。
其次，农村工作处专注于东墩集镇和园区外行政村的建设和管理，承担农业、农村事务，同时负责统战、综治、民政、人武、计生等社会事务的协调。
经济发展局则聚焦于产业发展、规划、项目管理、科技创新、企业服务、环保安全生产以及统计等工作，确保区域经济的健康发展。
园区建设管理局承担基础设施建设的规划、招标、施工管理和维护，以及区容环境整治，确保园区的建设质量和安全。同时，社区建设和相关社会事务也在其职责范围内。
招商局是区域经济发展的引擎，负责项目引进、包装、推介，以及招商信息的收集与管理，协助举办招商活动并提供客户服务。
规划分局受市城市规划部门委托，负责区域规划的编制和管理，参与项目选址，确保项目的合规性，监督和处理违规建设行为。
最后，财务审计局负责财政预决算管理、财税协调、机关经费和资产管理，以及内部机构的财务审计，确保资金的合理使用和国有资产管理。
高邮经济开发区是1993年11月由省政府批准设立的省级经济开发区，经过多年的建设和发展，已形成一定规模。2010年，市委、市政府实施了“区镇合一”战略，开发区区域面积扩大到99平方公里，规划建设面积75平方公里，建成区面积15平方公里。