一、学校不同
1、香港中文大学
香港中文大学（The Chinese University of Hong Kong），简称港中大（CUHK），是一所亚洲顶尖、享誉国际的公立研究型综合大学，在中国研究、生物医学科学、信息科学、经济与金融、地球信息与地球科学等重点研究领域堪称世界级学术重镇，也是香港唯一有诺贝尔奖、菲尔兹奖及图灵奖得主任教的大学。
2、香港大学
香港大学（The University of Hong Kong），简称“港大（HKU）”，是中国的一所国际化公立研究型大学，通常被认为是亚洲最具名望的大学之一，有亚洲“常春藤”之称，其前身为香港西医书院。
二、历史沿革不同
1、香港中文大学
1949年，中国政治发生巨变，由于大批难民涌入，香港人口暴涨，令香港对中文授课教育的需求激增，对香港高等教育构成沉重压力。
另一方面，亦为香港带来了大批出色的内地学者和教育家。他们在资源匮乏的情况下开办不少“难民学校”，讲授专上程度的课程，协助南来及本地青年继续学业。其后中文大学的三所成员书院（新亚书院、崇基学院、联合书院）就是在这一时期孕育出来的。
2、香港大学
香港大学是香港第一所大学，由1887年成立的香港西医书院及香港官立技术专科学校合并而成，于1911年在香港岛正式创立；中华民国国父孙中山先生为香港西医书院首届毕业生。
三、院系设置不同
1、香港中文大学
根据2019年4月学校官网，学校设有8个学院：文学院、工商管理学院、教育学院、工程学院、法律学院、医学院、理学院和社会科学院，开设多个主修、副修和双学位学士课程。此外，学校还与北京大学、清华大学、日本早稻田大学等高校合办多个本科及硕士课程。
2、香港大学
截至2019年，香港大学下设10个专业学院，另有研究学院、专业进修学院、数码港学院等数十个独立机构。
参考资料来源：百度百科－香港大学
参考资料来源：百度百科－香港中文大学