《一念关山》的剧情可以分集介绍，具体可以分为：第一集、第二集、第三集、第四集、第五集、第六集等。
一、第一集
在孙拾遗寿宴上，韩世子看上舞女任如意，为了获取情报，任如意恳求韩世子带她回府。宴席中途六道堂堂主来查找奸细，孙拾遗为脱身，将全部舞女指为奸细，六道堂的人将舞女们带走，其间不慎暴露身份，任如意只能将全部六道堂缇骑灭口。
娄青强带来消息，梧军被安军大败于天门关，圣上也已然蒙难。首辅章崧提议丹阳王杨行健继位为帝，梧后萧妍收到堂兄萧明来信确认圣上尚安。章崧提出由丹阳王继续监国，待皇后生育后视男女而定国统。章崧想要借助宁远舟查清圣上是否安在，却发现宁远舟已被送往战场。
二、第二集
赵季以宁家老宅和元禄性命威胁宁远舟现身，宁远舟现身救下元禄。他威胁宁远舟前去安国救出圣上。宁远舟得知兄弟们下落，已无心朝堂，只愿将义父下葬后远离京城。后将藏身于棺材中的任如意逼出。
宁远舟断定如意是朱衣卫白雀身份，如意为了能留在宁宅，故意露出白雀身份的嫌疑，宁远舟逼迫如意离开，可对方不愿离开只得无奈放弃。镜头一转，皇后需要找一人出任迎帝使，决定从宗室中寻一人过继到先皇名下。
三、第三集
杨盈公主为爱自请出任迎帝使，另一边任如意希望宁远舟能带自己出城，宁远舟一口答应。次日，宁远舟带着元禄和任如意出城将机密告诉任如意，但是任如意假装听不懂。宁元舟带着元禄辞别任如意后，就遇到娄青强带人刺杀，任如意听到刺杀声音后还是现身救下元禄，最后三人并未逃过追捕。
后来章崧道出杨盈自请以皇子身份出使，他不在意宁远舟是否能迎回圣上，只希望宁远舟能拿到圣上亲手所写传旨于皇后腹中亲子，尔后由他监国的圣旨。
四、第四集
如意想拜托宁远舟帮忙查一件事，但是宁远舟拒绝帮忙，也认为使团并不缺如意这一位刺客，两人自此分道扬镳。随后宁远舟带着于十三等四人使团离开梧国前往安国。宁远舟追上杨盈等人，并安排孙朗护杨盈安全，宁远舟猜出丹阳王的意愿，为了帮助杨盈，宁远舟向如意求助。
任如意设计引出越先生，玉郎眼见危险抢马而逃，越先生袒露自己是梧国分部紫衣使越三娘。之后越三娘看出任如意内力还未恢复，出手对付任如意。危急时刻宁远舟带着元禄赶来帮忙。宁远舟答应和任如意合作。
五、第五集
一路走来，任如意悉心教导杨盈一切安国政事要点，对她要求也格外严格。任如意看出杨盈习惯顺从别人，也提出了身为女子不一样的生活方式。杨盈从宁远舟口中得知任如意说的事实，她心中悲痛被亲人背弃。杨盈以月事为由支走如意，随后迷倒宁远舟想要逃回京城。之后任如意道出自己的心思，而宁远舟也表达了自己的意愿，暂时答应了承诺。
六、第六集
任如意带回杨盈，宁远舟当场反悔。晚间，等众人入睡后，宁远舟发现如意不见了。宁远舟劝说如意日后不要擅自离开使团，次日，宁远舟带着如意重新和使团汇合，他可以帮如意编造了离队的原因，让大家并未对如意起疑。杨盈想要回京寻找答案，宁远舟劝说杨盈，杨盈终于了然自己的错误，宁远舟劝说杨盈的过程也被如意看在眼里。
