1986年，天水放马滩出土秦墓木板地图，其中绘制葫芦河的2号图标有一亭形物。据学者考证，此亭形物当为女娲祠。胡缵宗在《秦安志》中也记载，女娲祠“建于汉以前”。
北魏时期，郦道元撰《水经注》，首次指出了女娲祠的具体位置。其《渭水篇》云：“略阳川水又西北流入瓦亭水。瓦亭水又西南出显亲峡，石宕水注之。水出北山，山上有女娲祠。庖羲之后有女娲焉，与神农为三皇矣。其水南流注瓦亭水。”略阳川水，即今清水河，自东向西流入瓦亭水（今葫芦河）。显亲峡在今秦安县叶堡乡和安伏乡之间，相传伏羲女娲在此结婚，繁衍人类。可以看出，女娲祠位于显亲峡之北。清道光《秦安县志》认为，《水经注》“所云‘北山’，在今县北三十里阳极山。”阳极山在今安伏乡境内，即北魏时女娲祠的具体位置在今安伏乡境内。
自郦道元之后千余年间，女娲祠所经历的沧桑变迁，史料乏载。到了明嘉靖年间胡缵宗修《秦安志》时，陇城北山有女娲庙故址，庙宇存而祭祀废。“陇城北山”，即清宣统《甘肃新通志》中所言的“龙泉山”：“女娲庙在（秦）州北四十里秦安县，在县东北龙泉山。”可见，最迟在明代，女娲祠已移建于陇城龙泉山，并更名为女娲庙。清乾隆初年，龙泉山崩，女娲庙被毁。道光后，庙移建于陇城镇东门内。不久，大水逼城，庙又移建于东山坪。同治初年，庙又毁于战乱，再徙陇城城南隍庙旧址。
“文革”期间，女娲庙再度被拆毁。1989年和2000年，陇城民众先后于原址重建女娲庙，建成一座占地160平方米的“娲皇宫”，轩楹宏敞，飞檐兽脊，流丹飞碧，雕梁画栋，内置著名雕塑家何鄂创作的女娲像。2005年，女娲庙被秦安县人民政府公布为县级文物保护单位。2006年以来，天水市人民政府在女娲庙举办了两届公祭人文始祖女娲大典，在秦安县城举行了三届女娲文化论坛，并于2007年成立天水女娲文化研究会，积极挖掘女娲文化，打造女娲故里旅游品牌。
焕然一新的女娲庙，与大地湾遗址、街亭古战场、女娲洞、风台、风沟、风茔、略阳古城、龙泉等景点连为一线，已成为人们寻根问祖和旅游观光的好去处。
