传统科学认为灵魂的存在只是人们的想象，属于唯心主义，尤其对于无神论者，一般认为现实中并不真的存在死后的灵魂，灵魂只存在于人们的心里。
但是，随着现代物理学的不断突破，科学家们对灵魂的观点也有所转变。例如美国物理学家阿密特·哥斯瓦米在他的《灵魂的物理学》一书中用量子力学来解释灵魂的存在。
目前对灵魂的最系统的科学解释是“唯物主义有神论”学说，广州市社会科学院研究员苗兴壮在《揭秘灵界生命：神秘现象探索》一书中对此作了详细的论证。作者认为人体内确实存在着一种人们还不清楚的物质和能量，人们的肉眼无法看见它，现有的科学仪器也无法测量到它，作者将其称为“灵质”。当人的身体死后时，这种物质在瞬间离开身体，但这种物质团延续了人体原来的主要结构 。按照“结构——功能”原理，只要结构存在，功能就会存在。所以，离开身体后保持了原来身体主要结构的“灵质团”也一定会保持原来的一些功能，如记忆、思维等等。这样，这个“灵质团”仍然是有生命的，这就是肉体消亡后继续存在的“灵魂”。
构成灵体的物质究竟是什么，人们还说不清楚，苗兴壮对此作了推断，认为这种物质很可能是物理学家们探索的“暗物质”或“暗能量”，因为其特性与“灵质”的应有特性高度一致，如不可见，穿透性极强，非常轻等。作者认为传统中医学中讲的“气”很可能就是这种物质。这样解释灵魂，那么承认有“灵魂”并不一定等于唯心主义和迷信。
西方一些国家对灵魂的研究已经积累的丰富的资料，有些证据很有说服力，对灵魂的存在给予了有力的支持。这些研究包括对濒死体验的研究，对灵魂出体的研究，对灵魂转世的研究，对催眠术的研究等等。尤其对濒死体验的研究，有些实验分析已经非常严谨、规范，有些论文已经发表在世界权威医学杂志《柳叶刀》上，如荷兰心脏病专家隆美尔的论文等 。
也有观点认为，人类灵魂的粒子为反物质，也就是人类躯体的映射。人类躯体的体积有多大，其灵魂生物磁场团的映射体积就有多大。组成人类躯体的最小粒子单位是分子，而分子又是由原子组成的最小单位，原子又是由电子和质子及中子组成，将原子再分，可得到最小的粒子（夸克）。原子核处于正电位，外围电子处于负电位，所有正物质的电子为负粒子，而反物质的电子为正粒子。
灵魂负宇宙体的粒子状态和反物质形体延伸了人类思维的潜意识，潜在的科学现象需要的是一种微观的科学研究方向。灵魂粒子组成的物质形体影响了人类的思想变迁多达数千年，唯心的形而上学的理论被唯物论学说所埋葬，人类的科学和哲学的论点发展了唯物论，只有人类的图腾宗教学说继承和发展了唯心论点。由于现代科学思想的进步，潜意识状态领域的社会现象已逐渐的被人类有所认识，使唯心的宗教学说理论得到了质的飞跃，新的人类哲学观念有所改观。现代的唯心与唯物观念延伸了爱因斯坦的相对论，继承了爱因斯坦相对论的科学思想。
物质由粒子组成，物质的波粒特性演绎了宇宙空间的膨胀与收缩，不为人知的潜在的科学问题，我们总有一天会揭开她那美丽的面纱。
灵魂的可能构造及组成元素假说
「意识能量体-灵魂」的层层组识结构
灵-意识能量(超对称-粒子)、 魂-意识体(普通-弦圈粒子)
「灵魂」合称为-「意识能量体」
「意识质能体-灵魂」的四大元素：
1、大统一场(一级暗物质-重力微子、X、Y微子)
2、电弱统一场(二级暗物质-希格斯微子，WZ弱波微子)
3、氢H0电磁场(三级暗物质-t、b、c、s超夸克,t,m超电子)
4、氧O0电磁场(四级暗物质-u、d超夸克组成之超质子、e超电子)
「意识能量体-灵魂」的所在次元及组成元素结构表：
所在次元-时空波长® 10次元-10^-33至10^-30公分9次元-10^-30至10^-16公分 8次元-10^-16至10^-13cm7次元-10^-13至10^-12cm6次元-10^-12至10^-11cm 5次元-10^-11至10^-10cm4次元10^-10至10^-8cm 3次元10^-8 cm至3Km(公里)即:X光,紫外线,可见光,红外线至无线电长波
意识能量体-灵魂:组成元素¯
灵-意识能量暗能量,暗物质-超对称粒子一.重力微子,微子二希格斯微子,WZ弱波微子三.超夸克四.超质子 宇宙(粒子)科学 10次元-大统一场9次元-希格斯场 8次元-电弱统一场,7次元-胶子场6次元-核强力场 5次元-H0电磁场4次元-O0电磁场 3次元-生物能场:红外线电磁场
意识科学 10次元-星际万物集体潜意识9次元-星际生命集体潜意识 8次元-星际生物集体潜意识7次元-星际人格集体潜意识6次元-地球人格集体潜意识 5次元-个人转生潜意识4次元-个人做梦潜意识 3次元-个人表面思想意识
道教 10次元-天魂(三清)9次元-天魂(五老) 8次元-人魂(圣胎)7次元-人魂(电胎)6次元-人魂(气胎) 魄(地魂)5次元-魅4次元-鬼谷 道心
佛教 10次元-菴摩罗识9次元-菴摩罗识 8次元-阿赖耶识7次元-末那识(深层)6次元-末那识(浅层) 5次元-潜在意识(深层)4次元-潜在意识(浅层) 六识(表面意识):色,声,香,味,触,法慈悲,菩提心
基督教, 天主教,回教 10次元-大天使长9次元-七大天使,四大天使(回教) 8次元-大天使7次元-天使6次元-天使 5次元-善灵魂4次元-善灵魂 博爱(基督教,天主教)清静心(回教)
魂-意识体普通物质-弦圈粒子 10次元-五种超弦:Ⅰ型弦,ⅡA型弦,E型杂弦,ⅡB型弦,O型杂弦.9次元- XY玻色子,重力子,磁单极子,希格斯玻色子 8次元-WZ弱玻色子t顶夸克,t电子7次元-b底夸克,t电子6次元-c粲夸克,m电子 5次元-超子(s奇夸克+m电子)4次元-超子(s奇夸克,ud夸克+高能e电子) 原子(中子,质子,电子)分子,细胞,肉体,物质
