柳州市供销合作社联合社的机构设置分为多个部门，各有其职责分工：
1. 办公室：主要负责协助市联社领导处理日常事务，包括组织重要会议，起草报告、文件和管理制度。机关内部的文电处理、政务信息、机要事务、档案管理、信访、保密和后勤工作也由其负责。同时，办公室还协调内部科室工作，并对外保持联络。
2. 财会审计科：主要负责财务、会计、审计、税务、信贷法规的实施，指导直属单位的会计核算和财务管理工作。对系统内部的财务状况进行检查，负责社机关和直属单位的审计工作，草拟经营目标责任制，以及社员股金管理和清理整顿工作。
3. 综合业务科：负责指导和协调购销业务，制定商品流转计划和商流统计，参与农业产业化经营，指导基层社的专业合作社运营。此外，他们还负责市场调查、分析和预测，提供商情信息服务，以及体制改革和安全生产管理工作。
4. 项目办公室：以项目开发为核心，推动供销社系统经济发展。按照"12235"的工作思路，负责再生资源物流园区和农产品加工园区的规划、市场调查、项目论证和审批。通过整合资源和产业化发展，打造特色工业园区，促进供销社的快速发展，并对县供销社和企业项目进行跟踪、指导和协调服务。
5. 人事教育科：负责市社机关和直属单位的机构编制、人事管理、劳资、专业技术职称工作，以及离退休人员的管理工作。同时，他们还负责职工教育培训和普法宣传教育。
6. 党委办公室：负责市联社党委的日常工作，确保党的决策在组织中的有效执行。
7. 纪检监察室：负责市联社机关和直属单位的纪检监察工作，确保组织纪律的严格执行。