龙南县水利局，作为县政府的重要组成部分，由一支由27名专业人员组成的团队构成。在2010年的政府机构改革中，它由原名“龙南县水务局”更改为“龙南县水利局”。
该局内部结构清晰，设有四个主要职能股（室），分别是办公室，负责日常管理和协调；水政水资源股，负责水资源的管理和保护；小农水管理股，专注于农村小型水利设施的建设和管理；以及行政审批服务股，负责相关项目的审批和政务服务。
此外，龙南县水利局还下辖五个事业单位，包括防汛抗旱指挥部办公室，负责防洪抗旱工作；水政监察大队，执行水利法规的监督和执法；农村水利管理站，致力于农村水利设施的维护；水利建设与管理站，承担大型水利设施的建设和运营；以及河道管理所，专门负责河流的管理和保护。
这些机构的设立和运行，旨在确保龙南县的水资源得到合理利用和保护，为当地的社会经济发展提供坚实的水利保障。