兴化市水务局的领导团队由多位专业人员组成，共同推动水务工作的开展。
全面负责局党委工作，主要分管水资源管理、人民武装、老干部、退管、史志、保密等工作，直接管理水资源管理科，并与水资源管理所、排水运行管理中心、上海惠泓水务工程有限公司和上水奉贤有限公司保持联系。
主持局行政全面工作，负责人事、计划财务、行政许可（规划和工程）、防汛、双拥、信访等关键领域，下属党政办公室、计划财务科和行政许可科。
主要负责组织、宣传、统战、文化等多方面工作，以及协管人事，直接管理组织人事科，与水利工程学会、给排水技术协会等单位保持联系。
负责纪检、监察、工会等工作，协管人民武装和双拥，政策法规科为其主要管理科室，海湾水务管理所为其联系单位。
着重水利行业、河道整治等事务，以及质监、行业绿化，与南桥水务管理所、水务质量监督站等有联系。
负责防汛抗灾、安全生产等应急管理工作，与水务稽查大队和四团水务管理所等单位合作。
协助管理水资源，调研员金星主要负责行政事务和调研工作，奉城水务管理所为其联系单位。
专门负责水闸、海塘等设施的维护，以及水文、水环境监测，与庄行水务管理所等机构合作。
主要负责档案管理和调研，与金汇水务管理所等企业保持联系。