市水务局的内部组织结构依据其职能划分，设有专门的科室来确保工作的高效运行。具体包括：
1. 办公室：负责日常行政管理和协调工作，保证全局运营的顺畅。
2. 计划财务科：负责预算编制和财务管理，确保资金的合理使用和经济效益。
3. 水政水资源科：主要负责水资源保护和管理，确保水资源的可持续利用。
4. 建设与管理科：承担水务项目的规划与建设，确保供水设施的建设和维护。
5. 农村水利科：专注于农村地区的水利设施建设和管理，支持农村经济发展。
6. 技术安全监督科：承担技术规范监督和安全管理工作，确保水务设施的安全运行。
7. 行政审批服务科：负责相关行政审批工作，提供高效便捷的服务，优化审批流程。
此外，局内还设有党的基层组织和工、青、妇等群团组织，它们依据各自的章程和规定独立运作，为水务局的工作提供支持和保障。