康定县水务局为了履行其职责，内部设立了六个关键部门:
办公室: 负责协调机关的日常政务，包括文秘、机要、保密等工作，处理人大、政协的建议提案，负责会务、接待和后勤，参与突发群体事件的处理，制定机关规章制度，管理机构编制和人事，负责教育培训、职称评定等工作，以及水务体制改革和涉外事务。
规划财务股: 主要负责水务行业的长期战略规划和年度计划，编制建设项目文件，实施财务管理和专项资金调度，提出经济调节政策，管理国有资产，负责局机关和直属单位的财务审计，以及协调水务行业资金和综合统计。
水政水资源股（含节约用水办公室、行政审批股）: 执行水法规，起草相关实施办法，监督实施，指导水政监察，管理水资源许可和有偿使用，组织水资源调查和保护，负责水资源分配和管理，指导水源保护和节约用水，监管河道采砂和工程建设方案审查。
建设与管理股: 审核水利工程初步设计，监督招投标活动，指导水利建设和质量监督，负责水库水电站安全监督和水利工程验收。
水利股（含水土保持办公室）: 组织农田水利建设，指导农村牧区水利和社会化服务，负责流域和区域水利规划，审核建设项目，负责水利工程质量监督和建设监理，组织指导水土保持工作。
供排水股: 管理供水行业，制定发展规划，监督供水质量，负责供水企业资质管理，确保饮用水安全，协调供水管网建设，指导排水和污水处理行业。