在使用ggplot2进行绘图之前,我们需要先把数据整理成规范的格式。在R语言入门中我们了解到,ggplot2只支持tidy格式的数据,因此我们需要先转换数据格式。
注意:在Windows上设置工作路径时,记得要把从Windows资源管理器中复制过来的路径中的符号 \ 改成 / ,否则Rstudio无法识别,会报错。 如:
我从Windows中直接复制过来的地址是: H:\GeneK\ggplot ,必须修改成 H:/GeneK/ggplot Rstudio才能识别。
使用R的read.table读取相关数据:
读取结果如下:
1.基因表达信息
2.基因长度注释信息
3.样品分组信息
由基因的表达信息表格我们可以看到,该表格不符合tidy data的原则,需要使用Tidyr包对数据格式进行调整。
最终的呈现结果:
当然,我们还可以使用管道操作符,把上面的各步操作连接起来,一步完成转换:
注:本文是我在 基因课 网络课程《ggplot:绘图的艺术》的学习笔记,使用Markdown写作。