巴基斯坦航空的历史可以追溯到1946年，当时穆罕默德阿里真纳推动成立航空公司。米尔扎艾哈迈德在加尔各答注册东方航空，10月23日开始运营。1947年，公司从美国获得3架DC-3飞机并获得飞行执照，首次在南亚地区开展航线。同年，巴基斯坦独立后，东方航空归属国家所有，迁至卡拉奇，并开通了达卡航线及国内的卡拉奇至拉合尔、白沙瓦和奎达的航班。
1955年3月，巴基斯坦政府将东方航空公司合并为巴基斯坦国际航空公司。同年，该公司开通了飞往伦敦希思罗机场的国际航线，使用洛克希德L-1049C飞机。DC-3继续在国内服务。1960年，巴基斯坦航空公司成为亚洲第一个使用波音707的航空公司，进一步扩大了国际航线网络。在1962年，公司购置了波音720s、福克尔F27s和西科斯基直升机，其中一架波音720s创造了世界纪录，成为首个从伦敦直达卡拉奇的航空公司。
20世纪70年代，巴航在印巴战争中扮演重要角色，为空军提供运输支持。1974年，公司开始空中货运服务，成立巴基斯坦国际货运公司。进入80年代，巴航在卡拉奇开设货运中心并引进新机型，如空客A300B4。90年代，巴航继续扩展航线，引入新飞机，如波音747-300和A310。2002年，巴航成为波音777-200LR项目的启动用户，进一步提升了其国际航空网络。
面对安全问题，巴航在2007年经历了欧洲航空禁飞令，但在随后的审查中，禁令逐渐放宽。2008年，面对燃油价格上升，公司调整了机队策略，决定退役部分老旧飞机，但同时也计划引入波音747-400。这一时期，巴航的航空服务和国际地位持续发展。
巴基斯坦国际航空公司 (IATA：PK；ICAO：PIA )是巴基斯坦的国家航空公司，前身是东方航空有限公司，成立於1955年,总部设在卡拉奇。枢纽有喀拉蚩真纳国际机场和拉合尔伊克巴尔国际机场，第二枢纽为伊斯兰堡国际机场、白沙瓦国际机场及英国曼彻斯特国际机场。 巴基斯坦国际航空公司在亚洲最大的航空公司中排行第31位，营运航线在亚洲有35个目的地，同样在中东、欧洲以及北美也有23个目的地。