第三十九条 市、县（区）人民政府应当根据水（环境）功能区划和水体综合整治规划，制定并组织实施本行政区域水生态保护方案。水生态保护方案应当向社会公布，接受社会监督。 市、县（区）人民政府应当按照因地制宜、统筹规划、城乡一体的原则，保证水生态保护的投入，采取水资源合理配置、水环境治理、水生态系统修复等措施，实现水（环境）功能区的保护目标和水生态系统的良性循环。
水行政、农业、住房和城乡建设、环境保护等行政主管部门应当采取截污、清淤、岸线整治、绿化、植被恢复、水土保持等措施，建立水生态保护和修复工程的长效管理机制，加强日常维护管理，促进水生态功能的保护和修复，提高水体自然净化能力。
第四十条 市、县（区）人民政府应当严格水资源管理，实施用水总量控制、水域纳污总量控制、用水效率控制，实现水资源可持续利用。
第四十一条 市、县（区）人民政府应当根据水生态功能保护的需要，将下列区域、水体依法划定为重要水体保护区，向社会公布，采取措施保证其符合功能区要求：
（一）主要河流源头区；
（二）重要渔业水体、生物种质资源保护水体；
（三）风景名胜区水体；
（四）重要湖泊、湿地；
（五）重要水源涵养区、森林；
（六）其他具有重要生态功能价值的区域、水体。
重要水体保护区内禁止工业项目建设，不得从事破坏水生态、减少水面面积的养殖、旅游开发等活动，严格控制经营性项目建设。
第四十二条 建设项目不得填堵具有调蓄、灌溉功能的河道、塘堰、洼地、沟汊。确需填堵的，建设单位应当事先提出等量等效替代措施，经水行政主管部门或者城市管理行政主管部门同意后报同级人民政府批准，在实施替代措施后方可填堵。
从事生产、建设以及其他活动，应当采取必要的水土保持措施；改变地貌、损坏植被或者损害水土保持设施的，应当恢复原状或者赔偿；造成水土流失的，应当负责治理。
化工企业、危险废物贮存场地、垃圾填埋场等污染源迁移后，所在地县（区）人民政府应当组织制定原址的修复方案，督促责任单位采取修复土壤、恢复植被、净化水体等措施进行水生态系统修复。
第四十三条 市、县（区）人民政府应当组织建设本行政区域水生态监测系统，完善水环境评价体系，为水生态保护与修复提供依据。
第四十四条 实行水环境资源的区域补偿制度，逐步推行水生态补偿。本市行政区域秦淮河、滁河等交界断面水质未达到控制目标的，责任地区人民政府应当向水质受损害地区人民政府作出补偿。具体办法由市人民政府制定。
第四十五条 鼓励污水处理厂、垃圾填埋场和危险废物处置单位，以及重点石油化工、重金属污染物等排污单位投保水环境污染责任保险。
