为了有效执行《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》，并提升国家重点基础研究发展计划（973计划）专项经费的管理效率，确保资金效益，此办法依据《国务院办公厅转发财政部科技部关于改进和加强中央财政科技经费管理若干意见的通知》（国办发[2006]56号）和相关财务规定制定。
专项经费主要来源于中央财政拨款，目标明确，用于支持中国大陆境内的科研机构和高校进行与国家重大战略需求紧密相关的基础研究，以及承担相关重大科学研究计划。优先考虑支持国家重点研究基地和优秀团队的依托单位参与973计划任务的实施。
专项经费管理遵循三项基本原则：一是集中财力，强调重点，确保专项经费集中用于国家确定的973计划关键任务，避免资金分散；二是科学规划，合理分配，预算编制需严格依据项目目标和任务，避免随意；三是单独核算，专款专用，项目经费需纳入单位财务系统独立管理，并建立追踪问效机制，确保资金专用。
973计划项目的年度预算由课题预算构成，遵循财政预算管理和973计划特性，课题预算纳入科技部的部门预算体系。科技部建立科研项目预算管理数据库，实施信息公开透明，包括项目预算分配、承担单位、科研人员等信息，并对非保密内容公开，接受社会监督。
财政部、科技部关于印发《国家重点基础研究发展计划专项经费管理办法》的通知
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