西班牙内战
席尔海军上将号的首次任务为1936年7月，被派到西班牙疏散被西班牙内战卷入的德国平民。它还暗中监视载满武器、援助共和政府的苏联船队以及保护运输武器给国民军的德国船只。1937年5月31日，席尔海军上将号炮轰了共和军于阿尔梅里亚的军事设施，以报2天前共和军飞机轰炸其姊妹舰德意志号之仇。到了1938年6月末，它已结束了8次的部署任务。
在接近部署于西班牙的任务结束前，席尔海军上将号于1938年4月被作为一个投票所，专给就读于罗马的圣玛利亚灵魂之母堂（Santa Maria dell'Anima）学院的德国与奥地利神职人员与学生海外投票权，处理德奥合并的议题。因此席尔海军上将号停泊于意大利的加埃塔港内。与德国预期之结果相反，当地有90%的选票否决德奥合并，此事件当时还被称作“加埃塔之耻”（Vergogna di Gaeta, Schande von Gaeta）。
第二次世界大战
席尔海军上将号于1939年9月开始了它首次的二战生涯，但随即在威廉港就被英国皇家空军的布伦亨式轰炸机攻击。它被击中了3枚炸弹，但均未造成严重的伤害，舰上的高射炮也击落4架轰炸机。之后席尔海军上将号进行了一次彻底的检修，而它的姊妹舰则出航进行海上破交战。德意志号在回程时击沉了2艘船，但斯比海军上将号在击沉9艘船后就被英国皇家海军发现并给予重创，之后在拉普拉塔河口海战后自行凿沉。虽然这些装甲舰并未取得很大的成果，但已证实了海上通商破坏战的概念。席尔海军上将号于1940年前几个月被改良，原本很重的指挥塔换装了较轻的，并在同年7月重新划分为重巡洋舰。
席尔海军上将号于1940年10月14日巡弋时，海军的B-Dienst机关以雷达拦截到了一支船团，从而成为席尔海军上将号的第一个目标—从哈利法克斯新斯科舍出航的HX-84船团。席尔海军上将号于1940年11月5日发射水上飞机找到船团的位置，并相信其无护卫舰护航，于是席尔海军上将号出发前去攻击。然而，当船团出现于海上地平线时，有一艘船脱离船团并挑战了席尔海军上将号。该船为由爱德华·芬根上校所指挥的杰维斯湾号（Jervis Bay），是一艘武装商船，也是该船团唯一一艘护卫舰。由于盟军战舰的数量不足，在战争初期阶段，船团只有在最后3天的航行里才有驱逐舰保护。因此杰维斯湾号完全处于劣势，但德国船舰必须优先攻击已放出烟雾、试图分散逃走的船团。席尔海军上将号成功地开火击沉5艘船只，并使圣·德梅特里奥号油轮着火，但该船在杰维斯湾号的牺牲保护下成功即时抢救。这次的攻击行动使得英国皇家海军司令部改变政策，大型船团必须在战斗舰或战斗巡洋舰的护卫下才能航行，此举影响了皇家海军许多舰只往后的任务角色。
皇家海军派遣多艘船舰去搜捕席尔海军上将号，但它成功南下逃脱并与补油舰诺德马克号（Nordmark）会合。在之后2个月里，席尔海军上将号又击沉了数艘船，缴获其补给品与战俘，之后又将战俘转到诺德马克号上。之后它在中大西洋上度过了1940年的圣诞节，之后又经过几百浬的航程，通过特里斯坦-达库尼亚群岛，于1941年2月进入印度洋。之后它又发现了另外2艘目标船，但它们其中一艘设法发出了求救信号，召来了英国巡洋舰支援。而席尔海军上将号设法击沉了一艘运煤船后逃入大西洋。克朗克上校向北航行，通过丹麦海峡并最终于1941年4月1日回到了基尔港，此行共航行了85,000千米和击沉16艘商船。
席尔海军上将号后来一直待在港内，直到1942年7月2日出击拦截援苏的北极船团—PQ 17船团，但该行动失败。1942年8月，它驶入北冰洋狩猎船团，并发起仙境作战（Unternehmen Wunderland）以建立德国海军在苏联海域的制海权。席尔海军上将号于8月25日炮击位于热拉尼亚海角的苏联气象站，并击沉一艘武装的破冰船亚历山大·西比里亚科夫号（Aleksandr Sibiryakov），但并未于该地区搜索到其他船团。该破冰船设法发出信号给迪克森上的驻军。席尔海军上将号因此移动位置，并开火攻击狄克森的港口以及驻军。当地的卫戍部队随即反击，以一座老式榴弹炮对席尔海军上将号开火，但仅造成轻伤。舍尔海军上将最后被召回，没有击沉该港的船只，但给予黛什涅夫号（Dezhnev）和革命者号（Revolutsioner）两艘停泊于该处的船只重创。之后该舰并未发现其他盟军船团而回到了那维克，其后更因为喀拉海上的大雾与恶劣天气而无发现可攻击的目标。
在经过希特勒对德国海军水面舰队的愤怒与将海军总司令埃里希·雷德尔元帅撤换为卡尔·邓尼茨上将后，德国海军水面舰队就很少离开港口出战了。1944年秋季，席尔海军上将号替波罗的海索尔夫半岛上的德国陆军火力支援进行撤退工作。在1945年1月至2月期间，它一直进行对沿海的炮击行动，但在3月时炮管受损而撤回了基尔。1945年4月9日当晚，英国皇家空军以超过300架飞机对船坞进行轰炸，舍尔海军上将号被击中后倾覆沉没，大部分的舰上官兵都获救，但仍有32人阵亡。战后，席尔海军上将号的部份船体被打捞，并成为了基尔港的一部分。
1940年4月9日，德国侵略挪威，帝国海军（Kriegsmarine）的所有可用的舰只都参与了行动。舍尔海军上将号正在改装，吕佐夫号掩护了进攻奥斯陆（Oslo）的部队，该舰在与挪威海岸炮兵交火时被3发279.2mm炮弹击中受伤。两天之后该舰在返航途中被英国潜艇旗鱼号（HMS Spearfish）的鱼雷击中，舰后部受到重创，该舰被拖至基尔进行修理及改装。舰首作了改装以改善其适航性，同时，防空火炮由6门双联装105mm高炮替代了1934年就装舰使用的性能不佳的88mm高炮。
1940年底，刚完成改装的舍尔号成功地从基尔运河北部突入大西洋。11月5日该舰对英国HX84护航船队发起进攻。该船队有39艘商船，仅由一艘装备较弱的辅助巡洋舰贾维斯湾号护航，尽管该舰被击沉，但为整个船队赢得时间分散，舍尔号仅击沉了5艘商船，这对整个船队来讲，损失并不重，但对于在北大西洋边缘的海运航线上出现袖珍战列舰，而迫使英国中断了海上交通。在此次攻击之后，舍尔号转向南面，进入印度洋，并未取得很大战果，该舰于1941年4月1日回到基尔，此后，该舰主要在波罗的海和挪威沿海活动，直到1942年11月再次回到威廉港作了一次长时间改装。
1942年初完成修理后，吕佐夫号活动于挪威海岸，主要威胁驶向摩尔曼斯克（Murmansk）给苏联运送战争物资的盟国运输船队。该舰和德国海军其它的大型舰只一起，不出海以保存燃料，并吸引了英国本土舰队的注意力由于吕佐夫号和其它德国大型舰只在1942年12月31日的巴伦支海战斗中对处于劣势的皇家海军舰只表现极差，希特勒解除了雷德尔海军司令的职务，改由潜艇部队司令卡尔·邓尼茨海军元帅接任，由此注定了这些德舰的命运，1943年10月初该舰被撤回，以准备为潜艇战提供一些可用的资源。
与此同时，舍尔海军上将号完成了在威廉港海军船厂进行的长时间改装，再次出海，该舰成为一艘训练舰。这样一来，袖珍战列舰和其它德国大型战舰在北方冬天晦晴的光线中溜出丹麦海峡去威胁大西洋运输线的日子再也不复存在了，由于燃油供应不足，最重要的是潜艇部队要求源源不断地提供受过训练的艇员，最后吕佐夫号和舍尔海军上将号被特定为批准拆毁的舰只，尽管只有一段时间曾设想将其加长改装成航空母舰。
但1944年底，由于战局的发展，该级舰又重新投入作战行动，这次是在波罗的海，它们主要用于支援德国陆军，阻止苏军的前进，1945年4月16日吕佐夫号在施韦因蒙德（Swinemunde）以南遭到英国空军5.5t级炸弹的攻击，尽管没有直接命中但几枚近失弹所造成的损失使得该舰座沉在浅水区，在战争的最后几个星期里，它被用作固定炮台，随着苏军的进一步挺进，为避免被俘获，该舰于1945年5月4日自爆。
舍尔海军上将号则撤至基尔，直到1945年3月底都在德意志船厂作进一步改装，在此期间，出乎意料的是其防空火力又得到极大增强。4月9日，该舰被英国空军发现，命中5弹，在改装泊位翻转沉没。一个月后欧洲战争结束，接管基尔船坞的英军发现了该舰破损的残赅，倾覆的舰体中可拆的均取走拆毁。最后，在1948年基尔船坞区进行重新清理时，残存的舰体被覆上橡胶并弄平。
