吴清源本名吴泉，1914年出生于福建省闽侯县（今福州市）一个盐商家庭，后随父母投奔外公而迁居北京。其父“吴毅”系庶出，留学日本习法政，甚爱围棋，常出入方圆社。其母张舒文，清末翰林张元奇之长女，清帝逊位后元奇为徐世昌家臣，曾任奉天省长。
吴清源父亲在日本留学期间开始痴迷围棋，大致有业余三段的棋力，归国时更带回了大量难得的日本棋书。吴清源对围棋有过人的天赋，对棋谱有过目不忘的能力，又由于小时患病，不能进行激烈运动，在父亲的鼓励下，进而逐渐养成了长时间特别投入研究的习惯，提高非常快，吴清源除了学习父亲带回来的日本书籍，又吸收了我国古棋的独有精华，在击败福建籍大同乡林贻书老夫子后，“围棋神童”之名不胫而走。又出入海丰轩与当时一流棋手汪云峰、顾水如、刘棣怀等以受子对弈，棋力一日千里。11岁时经段祺瑞棋客顾水如的引荐入段府，段爱之，资泉每月大洋100元，清源出名之后，常和达官名流们周旋。当时中国社交界中。忌讳连名带姓称呼别人，认为那样不尊敬。清源虽是小孩，别人也以大人对待他。顾水如的一位朋友便给清源弟起了个号，从“泉”字引出“清源”二字。从此，“吴清源”三字就代替了“吴泉”。
吴清源引起日本棋院重要人物濑越宪作的注意，也颇有传奇。有林家大户，早年曾在福州与吴家共为盐商，后迁至台湾。时值林家掌门的弟弟林熊祥抵京，知道了吴清源的事，便带吴到北京的“日本人俱乐部”一试锋芒，日本方面也有心试试“围棋神童”的本事，早早备好了棋具静待吴清源的到来。吴执黑先行，对手是职业初段左右的棋力。布局时吴上了两手骗招的当，几乎崩盘，陷入苦战；但中盘后吴奋力吃掉对方近四十目左右的大棋，最终逆转六目获胜。是局引起在北京经营美术商品的日本人山崎有民先生的注意。山崎有民与濑越宪作熟识，将“北京有个围棋天才少年”的消息告知，引起濑越的注意。此外，山崎对吴家的帮助无微不至，还积极联络、不遗余力推进吴清源东渡日本一事，被吴清源称为“是我们永世难忘的恩人之一”。
1926年夏天，日本棋手岩本薰六段和小杉丁四段来中国游历，与吴清源对局，“结果与岩本薰六段让三子下了两局全胜，二子一局输二目；与小衫丁四段让二子一局胜”，对战成绩传回日本，少年吴清源的棋力被大大证实，催促吴清源“赴日的事便骤然间具体化了”。
1927年，吴清源14岁。日本围棋名手井上孝平五段来北京，试探清源的棋力。在让二子局中，执黑三胜井上孝平；让先局中，一胜一平一打挂。棋谱传回日本，濑越宪作热心奔走，为吴清源争得由日本棋院副总裁大仓喜七郎作保，二年内每月200元生活费的考察机会，国内方面由日本驻京公使芳泽先生（犬养木堂之女婿）委托杨子安先生照应联络，万事俱备，遂向吴发出邀请函。 1928年，受濑越宪作派遣，桥本宇太郎四段来到中国，安排与吴清源的考试棋与赴日留学事宜。期间桥本与吴让先两局考试棋皆败。同年10月23日，吴清源赴日留学，当时的日本名人秀哉亲自率领众棋士到火车站迎接。清源到了日本，当时日本棋院的总裁大仓喜七郎答应每月资助清源二百日元，两年为期。两年以后，清源能否在日本站住脚，也就是说，能不能得到日本棋院承认他具有作一个棋士的资格，就要看自己的棋力能否长足进步。
日本棋院组织一个审查会来给清源评定段位等级。审查会共七人：本因坊秀哉（九段）、岩佐銈（七段）、濑越宪作（七段）、铃木为次郎（七段）、加藤信（六段）、岩本薰（六段）、小野田千代太郎（六段）。审查会选出蓧原正美（四段）、村岛义胜（四段）、前田陈尔（四段）、桥本宇太郎（四段）、小野田千代太郎（六段）、木谷实（四段）和本因坊秀哉七人分别与清源对局。清源先胜蓧原正美、本因坊秀哉和村岛三人。审查会根据这个成绩，便评定清源为三段。评为三段之后，清源继续同其余四人对局。结果只输木谷实一局，其余全胜。清源认为，木谷实是他第一次遇到的劲敌。
1929年，吴清源在《时事新报》主办的擂台赛中首次与木谷实相遇，开创了“模仿棋”的先例。
1930年，吴清源晋升四段，并在这一年成为日本棋院的正式棋士，开始参加日本棋院的一年中春秋两度的大手合。
1931年，吴清源参加东京时事新闻社发起的棋赛。比赛采取单淘汰制。清源连战皆捷，十八名棋手都败在他手下。时事新闻社连续刊登他的对局约半年多。他连胜的声威引起日本棋界的注目。
1932年春季比赛中，他又获全胜，取得第一名；同年秋季比赛中，他仅负于小岛一局，仅次于木谷实，得第二名。
1939年升七段。至此于日本第一流棋手进行“十番棋”、“六番棋”和“三番棋”等对局。其中以“十番棋”战绩最为突出。计1939年对木谷十番棋；1941年对雁金准一十番棋；1946、1950年对桥本宇太郎二次十番棋；1943、1951、1952年对藤泽库之助三次十番棋；1953年对坂田荣男十番棋；1955年对高川格十番棋。在以上十番棋中，将除雁金准一以外的对手全部降至先相先或定先。被公认为棋界的第一人。
1950年2月，由日本棋院授予九段。
1957年后又获得日本第一、三期最强决定战第一名。1961年发生车祸，从此退出各项重大比赛。
1983年引退。
在布局、定式、序盘等方面见解甚多，被称为“近代布局的奠基人”，“昭和棋圣”。著有《新布石法》，《吴清源自选白局》，传记文学《以文会友》等，对局棋谱收入《吴清源打棋全集》。门下弟子有林海峰。
吴清源14岁只身赴日，与他棋盘上的辉煌相比，他的生活却是颠沛流离、坎坷曲折。由于日本发动侵华战争，吴清源却在日本所向披靡，在一定程度上增强了国人的自信心。
吴清源追求宗教般的纯净，而由于吴清源加入红卐会，一方面教会拿走了吴清源的对局费，另一方面吴因为教会原因被日本棋界所不理解。他的房子在轰炸之中被夷为平地，在很长的一段时间里居无定所，辗转漂泊，竟然被视作没有国籍没有身份的人，然而对于通过棋道一心探求生活真谛的吴清源而言，这些不幸都宛如浮尘。正如金庸所言：“因为吴先生的棋艺不存在一些高超的精妙之着，而在于棋局背后所蕴藏的精神与境界……吴先生毕生所寻求的，其实是一个崇高的心灵。只因为他的世俗事业是弈棋，于是这崇高的心灵便反映在棋艺上。”
吴清源对21世纪围棋的构想中，还十分崇尚阴阳调和、和谐。这阴阳调和，正如桑原道节在古典名著《发阳论》所说：“类似棋的配置、结构那样的东西可以称为‘阴’，而棋形中所隐伏手段则可称为是‘阳’”对于棋手来说就是保留变化与否，这和谐便是势力与实地，分寸上的和谐，十分微妙。他认为围棋是一种艺术，又是一种生命的哲学。对弈的最终目的，是从中领略圆满调和的“道”，追求棋艺和人生的共同完美。吴清源认为，20世纪打了两次世界大战，21世纪要以和为贵。中国的《易经》讲究阴阳调和，围棋也不能脱离这个道路。上个世纪的围棋以争胜为主，21世纪的围棋的核心是调和、均衡、和谐。
棋如人生。吴清源的棋道要旨是“六合之棋”，正是这种淡泊名利、纯粹求道的围棋精神，使他远远超越了一个争胜负的棋士，而体现出一种极其充盈丰沛的人格。见过吴大师钻研围棋时无与伦比的深入精神和批判精神的人都能明白吴大师为何灵感不断，而这种精神使吴清源虽然远离赛场多年，但他的围棋思想却长期指导着现代围棋，并将更长久地影响世界棋坛的未来发展。
