在当今世界经济一体化的大潮中，跨国公司或集团公司内部的交易对于企业的整体运营发挥的作用日益重要，而公司集团内部交易的定价问题，无论对于企业还是税务机关都是转让定价研究的核心内容。新颁布的《特别纳税调整实施办法》（以下简称《办法》）第四章就转让定价方法的重要性及其选择作出了明确规定。
首先，转让定价方法对于制定和验证企业间关联交易是否符合公平交易原则起着非常重要的作用。转让定价方法是验证关联交易是否合理的关键指标。《办法》明确要求：“企业发生关联交易以及税务机关审核、评估关联交易均应遵循独立交易原则，选用合理的转让定价方法”。也就是说，纳税人和税务机关制定和评估关联交易定价时，都应遵循这些转让定价方法。同时，转让定价方法还是进行可比公司筛选以及经济分析的前提和基础。 其次，转让定价方法是进行关联交易分析的重要组成部分。
（1）进行关联交易分析时，选取不同的转让定价方法会导致验证结果可能出现很大差别。比如基于价格的成本加成法，关注的重点是成本加成一定的毛利润，而基于利润的交易净利润法需要同时考虑期间费用对企业净利润的影响。与毛利润率相比，企业净利润率不易受到关联交易和非关联交易之间的某些功能差别的影响，而企业间履行的功能差别通常又反映在营业费用的变动上。因此，有时毛利润率差距悬殊的企业间仍可能取得类似的净利润率；
（2）不同类型的关联交易所适用的转让定价方法不同。《办法》重点解释了不同的关联交易类型对于转让定价方法的运用。新企业所得税法及其实施条例和《办法》对于转让定价方法的选择均采用了“最佳方法”的观点，不同类型的关联交易需要考察的重点也不尽相同。
再次，无论是企业制定关联交易定价政策还是税务机关进行审查或调整，选择适当的转让定价方法都需要有一定的依据和重点考察的指标。
（1）可比性分析对于转让定价方法选择的重要性。《办法》借鉴经济合作与发展组织（英文简称oecd）转让定价指南，完整、系统地描述了可比性分析的五个方面内容。即交易资产或劳务特征、交易各方功能和风险、合同条款、经济环境以及经营策略。
对于交易各方功能和风险的分析，在此前《国家税务总局关于加强转让定价调查分析的通知》（国税函〔2007〕363号）中已经得到充分的肯定。该文件要求各地要加强对被调查企业的功能和风险分析，接受转让定价调查的企业必须填写《企业功能风险分析表》，主管税务机关据此结合调查了解企业其他相关情况，填写《企业功能风险分析认定表》，并将上述两张表随同立案报告一并报送国家税务总局。
（2）关联交易的特点。企业应根据自身关联交易的类型和特点选择相应的转让定价方法。对此，《办法》中明确规定了不同方法通常情况下分别适用何种关联交易类型。
（3）信息来源的可靠性和一致性。比如在选用交易净利润法时，除了要考虑交易的产品和企业的功能风险外，还要考虑关联企业和独立企业之间对于净利润的评估标准是否一致。
