清苑县发展改革局根据其职责，内部设有五个职能机构，分别是：办公室、财务股、发展规划股、体改股以及农业区划委员办公室。
办公室主要负责会议组织、文电处理、档案管理、保密、对外宣传、信访事务、政务督办、目标管理、文件审核、起草提案、信息反馈、安全保卫和综治等工作，同时管理机关国有资产。
财务股承担机关的财务管理工作，指导企业财务会计、资产管理，对企业进行财务审计，汇总和上报全县企业财务报表，处理国有破产业职工安置费事宜，管理局机关和直属单位的劳资事务，组织协调专业技术职务评审，并指导乡镇企业的社会保险工作。
发展规划股负责提出全县经济发展战略和生产力布局建议，监测宏观经济，制定产业结构调整、资源节约、环保规划，协调规划实施，确定投资规模、结构和资金分配，编制项目计划，研究农村经济发展问题和提出相应政策，以及研究交通运输、能源发展战略和体制改革。
体改股研究经济体制改革重大问题，制定综合性改革方案，指导非国有经济改革，负责公司设立审核，制定企业上市规划，推动上市公司的监管，参与事业单位的改制工作。
农业区划委员会办公室负责建立农业经济信息监测体系，管理农业资源，研究农业结构调整和平衡，编制土地利用规划，负责农用土地资源的保护管理。