南昌起义军南下福建汀州后，周恩来代表前敌军委任命周肃清为二十军招募处长，负责招兵、募集军饷等，共筹得6万多块大洋。他和政治保卫处长李立三相互配合，拘捕审查镇压反动分子，开展深入的群众工作，发展了黄亚光、罗化成等一批优秀青年入党。周肃清认真细致地做长汀福音医院院长傅连暲的思想工作，请他出来救助包括陈赓在内的大批起义军伤员，挽救了数百名英雄的生命。
受周恩来委派，周肃清还作为起义军唯一代表，创建了长汀第一个党组织,为后来长汀成为“红军故乡、红色土地、红旗不倒”的三红之城播下火种，打下最初的基石。
9月底，起义军在汤坑兵败后退出潮汕，向海陆丰撤退。部队渡过榕江，陆续到达普宁县流沙镇。在流沙的乌石地区又遭伏击，伤亡惨重。流沙兵败后，周肃清指挥着剩下的百余个党团员和官兵，抬着发高烧的周恩来向陆丰方向前进。当渡过一个海峡时，天色已晚，忽然枪声四起。当时周恩来流着眼泪对周肃清等人说道：“同志们顾不得我了，就把我放在这吧……”周肃清和战友们怎么能把周恩来放下不管呢？周肃清怕他出意外，于是下令六团一个营长带领大部分同志去迎击敌人，自己和周恩来的秘书及几个抬着他的士兵保护周恩来先走。身边子弹嗖嗖擦身而过，极为危险。突然有个抬着周恩来的士兵要放下担架逃跑，其他几个士兵见状也犹豫着想跟着走。情急之下周肃清拔出手枪对着那个士兵说：“谁敢放下恩来同志逃跑，我就毙了他，我就和他拼命！”几个士兵站住犹豫着。周恩来烧得牙齿直打颤，结结巴巴地说：“肃清同志，不要管我了，放下我走吧……”周肃清听到这眼睛通红，泪水打转。他冷静下来说：“大家再坚持一下，等把敌人击退了，要走的，我们会发路费送行的。”这时，同志们打退了敌人，又跟上来了。到了甲子和碣石之间陆丰县一个海边乡村，海陆丰东江农民运动领袖杨石魂和周肃清等人取得了联系。杨石魂说：“由陆丰到海丰路被敌军截断，到海丰已无路可走。”发着烧的周恩来气喘吁吁地说：“愿意继续革命的，现在分散到上海、香港去找党的组织；不愿意继续干的，可以领钱回家……”能坚持到这时候的几十个人，哪里会有人愿意脱离革命？于是周恩来让秘书给了大家香港、上海党的通信地址，还把剩下的钱都分给了同志们。病中的周恩来则由几位熟悉本地的同志保护着去香港，周肃清使劲握着周恩来的手告别，哽咽着说：“恩来同志，千万千万要保重啊！”周恩来虚弱地说：“肃清同志啊，谢谢你一路的照顾，后会有期！”送走周恩来后，周肃清和几位同志，几度冒着生命危险终于撤退到了香港 。 1928年6月福建临时省委书记，组织部长陈祖康经不起敌人的诱惑，投靠张贞，叛变了革命。关键时刻，周肃清表示：“我即将回省委，建议改组全省各级党部。”
1928年7月24日，省临委先后召开党的紧急会议和扩大会议，改选刘谦初为代省临委代理书记，开除陈祖康，张余生党籍，选举周肃清为代表向党中央报告：“报告代表紧急会议来请中央派人改组福建党部；报告陈子侃（即陈祖康――笔者）叛变及紧急会议之经过；报告扩大会议之经过，报告福建工作概况及其他一切事项。会议还选举陈昭礼（即陈豪人烈士）、邱泮林，谢汉秋等特派员分赴厦门、闽北、漳属、汀属等区，自上而下改组党部。由于开会及时，措施得力，将这次陈祖康、张余生叛党投敌的损失降到了最低限度 。
