蒙药种类繁多，资源丰富，且以植物药为主。据文献记载，内蒙古分布的种子植物和蕨类植物共计2351种，其中引种栽培的植物有184种，野生植物共2176种，分属于133科720属；野生药用植物1122种，分属117科1033种。此外药用藻类1科2种，菌类24科68种，地衣5科7种，苔藓11科12种。其中常用药为104种，最常用药78种，占全国最常用植物药的36% 。
蒙医常用药有450余种，蒙医专用260余种，本区自产药材占30%。以清热药、祛巴达干药、抑赫依药、祛黄水药物为主。还有驱虫药、促使热疾成型的药物、杀粘药、利尿逐水益肾药、破痞去滞药、止咳化痰药、泻下药、止泻药、滋补强壮药等17类。
蒙药中有许多具开发利用价值的资源。如无患子科植物文冠果茎枝，是蒙医专用药。经过化学分析，邓丽嘉予试其含有黄酮类、皂甙、挥发油、油脂、香豆素、甾醇及糖类，顾维彰等对不同产地的文冠木的成分对比分析，并从文冠木中得到两种黄酮，即杨梅树皮素与双氢槲皮素。黄雅芳等从其乙醇提取物中分离到5种化合物，即双氢槲取素、双氢杨梅树皮素、表儿茶粉、表没食子儿茶精和一种结构未知的化合物。毛莨科植物北草乌的干燥叶，顾维彰等从其中分离得乌头碱、次乌头碱、新乌头碱、去氧乌头碱及北草乌碱。漆树科植物南酸枣的干燥成熟果实中，邓丽嘉等从其中得到黄酮、有机酸、甾醇、挥发油、香豆素、糖和酚性成分。木犀科植物贺兰山丁香的根中。周长风等经予试得到挥发油。油脂、甾体、萜体、酚性成分、蒽醌、香豆素、氨基酸、蛋白质及糖类。菊科植物莴苣的种子，邓丽嘉等从其中得挥发油、黄酮类、氨基酸、肽蛋白质、酚性成分及糖类。漏芦的花，经顾维彰等分析，花中含有挥发油、黄酮类、植物甾醇、三萜类及糖类等。刘国声报道内蒙古紫草含B、B－二甲基丙烯酰紫草素为1．21%，含量高于紫草等等。又如：广枣（珠如很芍沙），具有清心火，强心之功效；经其药理分析，具有治疗冠心病、心律失常之作用。蒙古山萝卜花（胡和�乌达巴拉），具清热之功效，经药理研究具有显著强心作用。山沉香（阿拉善阿嘎如），具抑赫依、清热、止痛、利呼吸之功效；经现代药理研究具有一定的抗惊厥作用，对中枢神经有明显的抑制作用，并有显著的镇痛作用。荜茇（必必灵）有调理胃火、祛巴达干赫依、调节体素、滋补强壮、平喘、祛痰、止痛功效；经动物实验，其挥发油具有耐缺氧和保护实验性急性心肌缺血作用。白苣胜其挥发油有显著的利尿作用，其总黄酮对心血管方面有良好的作用。文冠木（僧登）具有清热消肿、止痛之功效。经研究其总黄酮具有显著的镇痛与抗炎作用。另外还有白龙菖菜、芯芭、小檗、紫花高乌头、金莲花等。这些资源具有一定的开发利用价值。其中部分资源已开发或正在开发利用。
内蒙古蒙药最丰富的地区是东部山地，特别是大兴安岭燕北山地，而主要的内蒙古大宗药材主要分布于广大草原和荒漠地带。
据调查和有关资料，内蒙古蕴藏量较大的主要植物药有：麻黄、甘草、苦豆子、茵陈、苦杏仁、柴胡、侧柏、油松、旋覆花、锁阳、仙鹤草。其次有赤芍、黄芩、苦参、黄精、玉竹、升麻、黄芪、桔梗、益母草、苍耳、漏芦花、远志、葶苈子、枸杞子、秦艽花、卷柏。还有灰蓉、郁李仁、马勃、硬紫草、香青兰、草乌、翟麦、铁线莲等。另外，还具有一定量的鹿茸、牛黄等动物药和余粮土、麦饭石等矿物药。
蒙药用植物是内蒙古重要的生物资源，开发利用这项资源有两个主要目的。一是寻求防病治病，保障人民健康的新药；另一个是利用资源得到最佳经济效益。在这方面内蒙古多年来作了不少工作，积累了一些经验，在此基础上探索到一些循之有效的途径，更进一步开发利用这一生物资源，造福人类便是摆在全体医药工作者面前的首要任务。 通过国内各民族及中外经济、文化交往，医药科学的联系与交流，这一时期的蒙医药学具备了完整的医药理论体系，而且积累了极为宝贵的临床经验和丰硕的学术成果。当时，许多蒙医药学家将汉、茂医药学著作，为蒙医药学基础理论的发展奠定了基础。其中有代表性的是：17世纪著名蒙医药学家占布拉著《医法海鉴》一书，记述了蒙医治疗各科疾病的方药，是一部较完整的蒙药方集。18世纪蒙医药学家松巴，堪布，伊喜巴拉珠尔著《甘露滴珠》、《甘露医理》、《甘露临证鉴别论诊疗集》、《识药晶鉴》等一整套蒙医药著作。还有蒙医药学家洛布桑、索勒日哈木木著《脉诀概要》、《巴莎森制药法》、《药物识别》等著作。19世纪蒙医药学家占布拉道尔吉著《蒙药正典》一书。共收集了879种药物，共附有576幅插图。还有著名蒙医药学家罗布桑全普乐，全通过一生的临床实践，较全面地总结了前人的经验，著有《实用蒙医药学》一书。19世纪未至20世纪初，蒙医药学发展到一个新的阶段，先后涌现出许多医药学家和蒙医药学专著：如著名蒙医药学家化日格丹达尔著有《诃黎勒晶珠医药学鉴》、《增补医疗解释》等。库西卡编著了《蒙医验方集》，并附蒙、藏、汉、满四体合璧的蒙药名录；伊希丹森旺吉勒编著了《红珊瑚方剂》；吉格木德丹森扎木落编著了《普东方》；敖斯尔编著了《医方与手法》；阿格旺隆日格图布丹尼玛编著了《珊瑚珠方》等。这些著作的出版使蒙医药学日趋完善，逐步形成了具有鲜明北方民族医药特点和地域特点的近代蒙药学。为保障北疆各族人民的健康及蒙古族的繁衍生息作出了贡献。
中华人民共和国成立后，党的民族政策和中医（民族医）政策，促进了蒙医药事业的迅速发展。在内蒙古广大牧区及部分农区，普通建立了蒙医医院，使蒙医药在医逆境保健上发挥了重要作用。广大蒙医药工作者在防治常见病、多发病、地方病及疑难病方面都取得了很大成就。内蒙古自治区部分盟市先后建立了一批蒙医药科研机构，在系统理论、药物、临床等方面的研究都取得了显著成就，自治区还建立了蒙医高等院校，蒙医中等专业学校，培养了大批新型蒙医药人才，使蒙医药学的发展后继有人。近年来。广大蒙医药工作者广泛地搜集各地的蒙药方剂。对全区各地的蒙药资源进行了普查，开展了采、种植、用的活动，并加强了科学研究工作。同时建立了规模较大的现代化蒙药制药厂，以满足区内外的需要。
