1998年，国务院连续颁布了3个关于矿业权管理的行政法规：《矿产资源勘查区块登记管理办法》、《矿产资源开采登记管理办法》与《探矿权采矿权转让管理办法》。配合国务院颁布的管理办法，国土资源部出台了《关于矿产资源勘查登记、开采登记有关规定的通知》等多个操作性文件，对矿产资源勘查登记、开采登记管理的具体执行标准进行了详细说明。
按照管理办法，探矿权的勘查许可证由国土资源部和省（自治区、直辖市）国土资源主管部门审批登记，发放勘查许可证，省发证的矿业权向国务院地质矿产主管部门备案。《国土资源部关于规范勘查许可证采矿许可证权限有关问题的通知》（国土资发〔2005〕200号）第四条规定金、银、锰、铜、铁、铅、锌、钼、磷等矿产勘查投资大于500万元人民币（含）的勘查项目，由国土资源部颁发勘查许可证，其余授权省级人民政府国土资源主管部门颁发勘查许可证；第六条规定海域（含内水）、跨省、自治区、直辖市的矿产勘查，由国土资源部颁发勘查许可证。
按照管理办法，采矿权的采矿许可证由国土资源部、省（自治区、直辖市）、市、县级国土资源主管部门审批登记，发放采矿许可证。国土资源部审批权限包括国家规划矿区和对国民经济具有重要价值矿区的矿产资源、领海及中国管辖的其他海域的矿产资源、外商投资开采的矿产资源、《矿产资源开采登记管理办法》附录所列的34种矿产资源、开采石油、天然气矿产的和矿区范围跨省级行政区域的。省级国土资源主管部门审批权限包括国土资源部审批权限以外的矿产储量规模中型以上的矿产资源、国土资源部委托审批登记的和矿区范围跨市（地）行政区域的。市（地）级国土资源主管部门审批权限包括部、省以外规模为小型的矿产资源、省级委托审批的矿产资源和矿区范围跨县级行政区域的矿产资源。县（市、区）级国土资源主管部门审批权限包括只能用作普通建筑材料的砂石、粘土和零星分散的矿产资源。
管理办法对探矿权、采矿权范围管理做出了明确规定。“探矿权申请人申请探矿权时，应当向登记管理机关提交申请登记区块范围图，范围以经纬度1′×1′划分的区块为基本单元”，“探矿权申请应附探矿权申请登记区块范围图，并标明拐点经纬度坐标”，“最小区块可以是都用1/4”。“采矿权申请人申请办理采矿许可证时，应当向登记管理机关提交矿区范围图”；“登记管理机关在颁发采矿许可证后，可以根据采矿权人的申请，组织埋设界桩或者设置地面标志”。“采矿权申请应提交以地质地形图或地质图为底图的矿区范围图（以拐点标定，并附国家直角坐标和矿区面积）”，审批机关在划定矿区范围审批意见中要包含“以国家标准坐标标定的矿区范围（表明坐标的拐点及开采深度）”的内容。
按照新的登记管理办法，从1998年开始对处于有效期内的勘查许可证、采矿许可证、矿产资源勘查成果登记证，以及正在办理过程中的勘查许可证和采矿许可证，进行了全面换证工作。换证工作历时近2年，到2000年上半年各省（自治区、直辖市）相继结束。通过换证工作，各地国土资源主管部门建立和使用探矿权、采矿权信息管理系统，并将区块范围图、矿区范围图等信息资料录入管理信息系统，初步形成了比较系统的矿业权登记数据。
1999年，国土资源部信息中心承担了由数字国土工程“矿业权管理信息系统”建设项目，建设探矿权、采矿权和油气勘查开采登记3个子系统组成的矿业权管理信息系统。2000年，探矿权系统、采矿权系统先后在各级管理工作中投入应用；2001年，部、省两级的矿业权服务器以及各地矿业权远程实时数据查询开通运行；2002年，油气勘查开采登记管理系统在部机关管理工作中正式运行，开始为全国各大油气企业提供服务。目前，采矿权管理信息系统已在全国部、省、市、县四级矿政管理工作中投入应用，探矿权管理信息系统在部、省两级矿政管理工作中投入应用。近年来，由部、省两级登记的约3万多个探矿权项目数据，部、省、市、县四级登记的约10万多个采矿权数据已经全部入库，实现了矿业权登记、查重等日常业务管理；实现了对许可证到期、矿业权缴费、处理、年检管理；还实现了对地质调查、自然保护区等矿产地信息的管理。
按照矿业权管理办法，矿业权实行年检制度。探矿权年检制度是《矿产资源勘查区块登记管理办法》规定的制度，是为加强探矿权管理，规范地质勘查行为，检查探矿权人法定义务履行情况等而建立的。由矿业权人提交矿产资源勘查年度报告、探矿权年检表、勘查项目年度项目支出会计核算汇总表、下一个勘查年度探矿权价款及使用费的证明、勘查区范围内本勘查年度实际施工工程分布图、能证明投入实物工作量的工程编录、班报表等材料进行审查，并进行现场检查结果比对，进而达到对探矿权的监督检查作用。采矿权年检制度是《矿产资源开采登记管理办法》规定的制度，是对采矿权人开发利用矿产资源、保护环境及履行其他法定义务等情况的年度综合考核。通过采矿权人每年提交的矿产资源开发利用情况年度报告、矿山企业资源开发利用情况基础报表、井上井下工程对照图、采掘工程平面图、生产台账、资源储量资料等相关材料，由国土资源年检部门进行监督检查。年检对增强采矿权人依法采矿意识、促进矿产资源有效保护和合理开发利用具有重要意义。
为确保省级探矿权登记数据和各级采矿权登记数据入库完整、重要数据项准确，2007年国土资源部下发了《关于矿业权数据核实整理工作有关问题的通知》（国土资厅发〔2007〕169号），在全国范围内开展矿业权室内数据核实整理工作，夯实数据基础。通过对探矿权、采矿权登记数据库进行全面的检查，对数据缺项、拐点坐标错误、矿业权范围重叠等问题进行查实和部分纠正。据室内核实结果，矿业权坐标交叉重叠问题在一定程度上普遍存在。
按照《关于加强矿业权管理信息化建设工作的通知》（国土资发〔2007〕137号）的要求，2008年在全国范围内启动了矿业权统一配号工作。所有探矿权的新立、变更、延续、保留及地质调查等申请项目，采矿权的新立、变更、延续等申请项目，在登记管理机关准予登记后，均须通过采矿权、探矿权统一配号系统提交登记数据，获取统一配发的采矿权许可证号或勘查许可证号。未经全国配号系统配发统一勘查许可证证号（石油、天然气、煤层气矿种除外）的，该矿业权为无效矿业权。探矿权于2008年1月1日起在全国范围内实行统一配号工作，许可证号由原来的13位增至18位；采矿权的统一配号工作，于2008年11月1日起正式启用采矿权统一配号系统，许可证号由原来的13位变更为23位。在全国范围内开展的统一配号工作，有利于及时迅速掌握全国矿业权设置的情况，了解矿业权的分布情况，为矿产资源管理提供基础资料，有利于相关部门对信息的查询，实现宏观管理。
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