公安县扶贫开发办公室的内设机构设置旨在支持其职责的高效执行。以下是三个主要的内设科室:
1. 综合科: 负责机关的内外协调和督查督办，涵盖文电处理、会务安排、机要事务、档案管理、安全保密、政务公开、宣传、信访接待、行政管理等领域。此外，该科还负责扶贫系统的信息化建设和电子政务工作，包括机构编制、人事、党群、计划生育、财务、资产管理以及政府采购。简报编发和重要信息的报送也是其职责范围。
2. 开发指导科: 主要负责全县扶贫开发的中长期规划和年度计划制定，以及相关政策和措施的拟定。科室负责财政和信贷扶贫项目的立项、审批和跟踪检查，指导整村推进、产业扶贫、扶贫搬迁等关键工作，并组织检查验收。此外，他们还负责老区贫困监测、统计分析和扶贫工作责任制考核，以及领导讲话和材料的起草工作。研究重大课题也是其职责之一。
3. 老区建设科: 专注于全县老区的中长期规划和年度计划，以及相关政策的制定。科室负责老区建设项目立项、审批和监督，制定资金和项目管理方法，并组织年度绩效评估。他们还负责扶贫政策与农村低保制度的衔接，以及“雨露计划”和人才扶贫计划的实施工作。同时，与县老区建设促进会保持联系。