遵义市汇川区水利局设有多个内设机构，各司其职，确保水利工作的高效运行。
办公室主要负责机关的日常运转，包括文电处理、会议组织、保密、信访、财务管理和监督等。他们负责编制水利部门预算，管理全区水利资金和国有资产，提出相关价格、收费和信贷建议。此外，还负责机构编制、人事管理、教育培训等工作，以及水利体制改革、水利法制建设等工作。
办公室还负责起草和监督实施水利规范性文件，研究拟订水利政策，指导行政许可工作，协调水事纠纷，以及水资源管理和保护工作，如水资源取水许可、水资源保护规划等。
该科室负责水利发展规划的制定，包括水利项目的技术引进、审核和监督。他们指导水利工程的建设与运行管理，确保工程合规性和安全性。农村水利方面，科室负责农村供水、节水灌溉和农田水利建设等项目的规划与实施，同时关注小水电的建设和管理。
防汛办是防洪抗旱工作的核心机构，负责组织、协调和监督全区的防汛抗旱工作，对重要江河和水工程进行调度，制定应急预案，并指导防洪演练和抗洪抢险。他们还负责山洪灾害防御和防洪保护区的洪水影响评价。
机关内部的党组织和纪检监察机构按照相关规定设置，确保工作的公正与透明。