在一场意外的海难中，一艘意大利渔船救起了一名重伤男子。他背部两颗子弹和刀伤，神秘的是，皮肤下隐藏着微缩胶卷和一个瑞士银行账户密码。虽然他恢复迅速，却对自己的身份一无所知。他决定依靠那唯一的线索——瑞士银行密码，踏上寻找自我的旅程。
他抵达苏黎世，按照程序打开银行保险箱，惊奇地发现里面藏着一把手枪、多国钞票、六本不同姓名的护照，以及一张巴黎地址。这些发现使他陷入了一段充满冒险的探索。在混乱的美国大使馆内，他邂逅了一个名叫玛莉的女人，尽管被线人认出，他凭借过人的身手逃脱了追捕。
玛莉被伯恩的困境所打动，决定帮助他。尽管伯恩对账户和护照的来源困惑不解，他还是执着地寻找门牌号，试图揭开谜团。在与杀手的激烈对抗中，伯恩意识到自己正被追踪。尽管劝告玛莉离开，但她选择了坚守。CIA在暗中追杀伯恩，试图掩盖他的身份，而伯恩则在危险中不断挖掘真相。
在一系列的事件中，伯恩发现沃姆伯西被杀，而他被错误地指向了罪魁。他深入调查，却始终找不到答案。在与CIA的对抗中，他设下陷阱，迫使组织承认他的死亡，从而结束了“绊脚石计划”。最终，伯恩在印度找到了玛莉，两人决定共同生活，尽管身份之谜仍未完全解开。
取材于著名的作家罗伯特-勒德姆的畅销小说《伯恩的身份》，讲述的是一位在大洋中获救的超级间谍（马特达蒙）的故事。在一艘意大利渔船把这位失忆的男子从大洋中捞上来时，他已经奄奄一息。 他在康复之后受到了追杀。尽管全然不知自己的身份和背景，但是在格斗、语言技能和自卫方面表现出来的出色的能力表明了他拥有危险的经历。在一位开始对他怀有敌意的女子－－玛丽（弗兰卡-波坦特）的协助下，他开始竭力弄清自己的身份以及遭到众多杀手追杀的原因。