托克托县审计局是一个由15名在职人员组成的机构，其中包括两位领导，一位正职，一位副职。部门设有办公室，以及经济责任审计办公室、综合财政审计股、专项金融审计股和固定资产投资审计股四个专业部门。
首要职责是执行国家、自治区和呼和浩特市关于审计的政策，制定年度审计工作计划。他们负责对县级预算执行情况和镇政府财政决算，以及其他财政收支进行严格的审计监督，并向县人民政府和上级审计局提交审计结果报告。
审计局还对全县行政和事业单位的财务收支进行监督，确保资金的合法合理使用。对于政府管理的社会保障基金、环保资金、社会捐赠等专项基金，以及扶贫、救灾资金的拨付、管理和使用情况，也进行审计，以维护公共资金的透明度和公正性。
在干部管理方面，审计局按照国家规定对县级以下党政领导干部的任期经济责任进行审计监督，这是确保公职人员责任明确、廉洁从政的重要环节。
此外，审计局还对政府投资和政府投资为主的建设项目，如预算执行和决算进行审计，以确保这些项目的资金使用合规，工程质量和经济效益。
经济责任审计办公室专门负责科级及以下党政领导干部的任期经济责任审计，以保障公职人员的经济行为公正透明。综合财政审计股负责预算执行和"收支两条线"、政府采购的审计工作。专项金融审计股则聚焦于专项资金和国有金融机构的财务审计，保证金融领域的稳健运行。固定资产投资审计股则着重于政府投资项目结算和决算审计，确保工程项目的顺利完成。