俱乐部于1863年成立于特伦特河畔斯托克（Stoke-on-Trent，城市名）。但球队的第一场记录在案的比赛发生在1868年的10月，球队主要成员是铁路工人，名字谓之曰“斯托克漫游者（Stoke Ramblers）” 。
1888-89赛季，英格兰足球联盟创始的时候，斯托克城是创始成员之一。但在1890年，球队连续两届联赛排最尾的十二位，最终被足球联盟除名。
1890-91赛季，斯托克城加入足球同盟（Football Alliance），并获得了该赛季的冠军。之后在1891-92赛季，获选再次加入足球联盟。1894-95赛季，斯托克城队在英格兰甲组联赛中排第十四位，又在邻选赛3-0击败牛顿希斯，成功保留甲组席位。
1898-99赛季，斯托克城队在这个赛季的英格兰足总杯的赛场上，一路过关斩将，历史首次晋身足总杯的四强。 1906-07赛季，斯托克城队在甲组联赛中仅仅排在第二十位，惨遭降级至乙组。接下来的1907-08赛季，球队又退出足球联盟乙组联赛。转而在1908-09赛季，加入伯明翰及邻近地区联赛（Birmingham & District League）。1909-10赛季，在加入南部乙A组联赛的同时还获得这个联赛的冠军；通过附加赛6-0击败乙B组冠军黑斯廷斯及圣雷诺，夺得南部乙组联赛总冠军。
1910-11赛季，在南部乙组联赛因得失率较差而屈居亚军，但球队成功升级南部甲组联赛。1912-13赛季，球队仅在南部甲组联赛排第二十位，降级南部乙组联赛。不过在1914-15赛季，球队再次夺得南部乙组联赛的冠军。
1919-20赛季，第一次世界大战后，球队获重选加入足球联盟乙组联赛。1921-22赛季，乙组联赛以较佳得失球率压倒巴恩斯利夺得亚军，成功升级至甲组联赛。
1922-23赛季，球队在甲组联赛中排第二十一位，被迫降级至乙组。1925-26赛季，又在乙组联赛排第二十一位，降级北区丙组联赛。
一个赛季过后，球队在1926-27赛季，夺得北区丙组联赛冠军，升级重新返回乙组联赛。又在1932-33赛季，夺得乙组联赛的冠军，升级甲组。之后在1935-36和1946-47两个赛季，球队在甲组联赛中均夺得第四名，这个也成为球队在顶级联赛的最佳成绩。
1963-64赛季，球队在英格兰联赛杯中，一路取胜杀入决赛，在决赛中两回合累计3-4负于莱切斯特城，夺得英格兰联赛杯的亚军。之后在1970-71赛季，斯托克城队再次杀入英格兰足总杯的四强。
1971-72赛季，在英格兰联赛杯决赛中2-1击败切尔西夺得冠军 ，这也是俱乐部赢得的第一个正式比赛冠军；同时球队也在英格兰足总杯中晋身四强，在双线比赛中均取得良好的战绩。
在20世纪70年代至80年代，斯托克城一直处于低级联赛中游走，在晋级英超之前，1984-85年以来斯托克城从来没有出现在顶级联赛的赛场上。斯托克城曾经长期在顶级联赛积分榜前列徘徊，也在曾在50年代到60年代期间堕入英格兰的二级联赛。
在顶级联赛呆了六个赛季之后，斯托克城又在1984-85赛季惨遭降级，此后又在二级联赛混了十年。斯托克城最近一次赢得桂冠头衔的时候是在2000年，在他们历史上第一个外籍主帅，冰岛人古永·托尔达松（Gudjon Thordarson）的率领下获得“英锦赛（The Auto Windscreens）”杯冠军，冰岛人此前还率领斯托克城队在2001年晋级英冠联赛。 2008-09赛季，是斯托克城第一次出现在英超联赛的赛场上，主教练托尼·普利斯（Tony Pulis）率领斯托克城队在2007-08赛季的英冠联赛中获得亚军 ，在0-0战平莱切斯特城（Leicester City）之后，他们锁定了其中一个直接升级的名额。
继2008-09赛季，斯托克城队升级得到第12名后，在接下来的3个赛季（2009-10、2010-11和2012-13赛季），球队的排名在第11名至第14名之间保级成功。虽然队中有爱尔兰中场德拉普的界外球手榴弹战术，但在2010-11和2012-13赛季中其威力有所下降，但斯托克城阵中仍有众多高大前锋及后卫，在场上战展现了传统英式的轰炸战术。
2013年5月30日，在主教练托尼·普利斯下课的8天后，英超斯托克城俱乐部宣布了继任者——马克·休斯下赛季将入主不列颠尼亚球场 。
2014-15赛季，斯托克城队在英超联赛中的最终排名为第9名，是俱乐部在英超赛场上的最好成绩，同时也是在英超拿到的最高积分54分。2014-15赛季，是斯托克城队堪称伟大的赛季。在主场3-2战胜阿森纳、并以6-1横扫利物浦，让外界意识到斯托克城队的不断崛起，亦成为豪门球队的终结者 。
