萨哈林州的行政单位划分为17个区、9个州属城市、10个区属城市、34个城镇、66个行政农庄。
领土
萨哈林州领土面积为8.71万平方千米，占俄罗斯联邦领土总面积的0.51%。
首府
萨哈林州首府是南萨哈林斯克（英语：Yuzhno-Sakhalinsk；俄语：Южно-Сахалинск），名字的意思是南萨哈林的城市。南萨哈林斯克到莫斯科的距离为10417千米。
南萨哈林斯克在日治时期称为丰原市。随着城市的日益繁盛，该市范围不断扩张，现时本市的范围包括有旧时日治时期的丰原市、丰北村及川上村，人口175，085（2002年）。
城市
萨哈林州其它州属市有：
科尔萨科夫（英文：Korsakov；俄文：Корсаков），萨哈林州仅次于南萨哈林斯克的第二大城市。日治时期被称为大泊。是库页岛上重要的港口都市。人口约36000人（2005年）。
霍尔姆斯克（英文：Kholmsk；俄文：Холмск），位于库页岛西南部，是萨哈林州重要的港口城市。日治时期名为真冈。人口35，141人（2002年）。该市与俄罗斯本土之间有渡轮相通。
奥哈（英文：Okha；俄文：Оха），位于库页岛北部，人口27，963人（2002年）。该市内有油田，主要产业为石油工业。居民多从事石油产业的相关工作。
涅韦尔斯克（英文：Nevelsk；俄文：Невельск），萨哈林州的一个港口城市。位于库页岛西南海岸。人口18，639 人（2002年）。日治时期名为本斗。
波罗奈斯克（英文：Poronaysk；俄文：Поронайск），位于波罗奈河入海口，南萨哈林斯克以北288千米处。人口17，954（2002年），日治时期名为敷香。
乌格列戈尔斯克（英文：Uglegorsk；俄文：Углегорск），位于库页岛西海岸。人口13，396人（2002年人口普查），日治时期名为惠须取。
亚历山德罗夫斯克（英文：Aleksandrovsk-Sakhalinskiy；俄文：Александровск-Сахалинский），位于库页岛西部，鞑靼海峡东岸。 人口12，826人（2002年），知名作家安东·契诃夫曾被流放至此。
多林斯克（英文：Dolinsk；俄文：Долинск），位于库页岛南部，南萨哈林斯克以北43千米处。人口12，555人（2002年），日治时期名为落合。
北库里尔斯克（大洋城）（英文：Severo-Kurilsk；俄文：Се́веро-Кури́льск），位于千岛群岛的幌筵岛上。人口2，592人（2002年），日治时期名为柏原。
库里尔斯克（英文：Kurilsk；俄文：Курильск）名称的意思为“千岛的城镇”。位于千岛群岛的择捉岛中部区域。日治时期名为纱那。人口2，233人（2002年）。
