TCGA+biomarker——Nomogram列线图

如题所述

第1个回答  2022-06-03

列线图(Alignment Diagram),又称诺莫图(Nomogram图),它是建立在多因素回归分析的基础上,将多个预测指标进行整合,然后采用带有刻度的线段,按照一定的比例绘制在同一平面上,从而用以表达预测模型中各个变量之间的相互关系。它的基本原理,简单的说,就是通过构建多因素回归模型(常用的回归模型,例如Cox回归、Logistic回归等),根据模型中各个影响因素对结局变量的贡献程度(回归系数的大小),给每个影响因素的每个取值水平进行赋分,然后再将各个评分相加得到总评分,最后通过总评分与结局事件发生概率之间的函数转换关系,从而计算出该个体结局事件的预测值。列线图将复杂的回归方程,转变为了可视化的图形,使预测模型的结果更具有可读性,方便对患者进行评估。正是由于列线图这种直观便于理解的特点,使它在医学研究和临床实践中也逐渐得到了越来越多的关注和应用。

解释: 假设有一个患者,治疗方式是Resection,肿瘤大小是3-5,复发部位是Intrahepatic,多处复发是No,复发时间是1-2,复发时AFP是>200,复发时albumin-bilirutinl grade是II, III,抗病毒治疗是Yes。在图上找到各个点,对应上方Point的值,将所有的值相加(本处只是讲解大概的值,具体数值应该在模型中计算:Total Points=0+42+20+0+4+31+22+0=119)。在Total中我们可以看到,119对应的2年和5年的生存率分别约为0.80和0.68(本处是大致值,由于没有具体模型参数,无法给出精确值)。这就进一步说明Nomogram图的内容,本质就是对模型各个参数的一个直观展示。

结果如下:这类结果过于简陋!

regplot包中的regplot()函数可绘制较为美观的nomogram。但是,它目前只接收coxph()、lm()和glm()函数返回的回归对象。

如下图,regplot绘图更加美观,可以比较灵活的定义细节。

可任意标记想突出的患者在列线图上的分值分布,及事件发生风险概率!

网络参考
https://mp.weixin.qq.com/s/BWpy3F-nEKXCdVXmY3GYZg
https://mp.weixin.qq.com/s/gpR6IlS4XGaE8xngS7bQrQ

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