研究所定位于生命科学基础研究，在PI制的基础上，针对生物化学和细胞生物学主要前沿研究方向，围绕国家重点实验室和研究中心形成了三大研究集群，涵盖五大前沿领域 。
三大研究集群 ：
分子生物学国家重点实验室
细胞生物学国家重点实验室
国家蛋白质科学研究中心·上海（筹）
五大前沿领域 ：
基因调控
RNA
表观遗传学
蛋白质科学
细胞信号转导
细胞与干细胞生物学
癌症和其它重大疾病机理
公共技术支撑平台 ：
细胞分析技术平台
动物实验技术平台
分子生物学技术平台
化学生物学技术平台
干细胞技术平台
斑马鱼技术平台
果蝇资源与技术平台
在十二五及创新2020期间，研究所将力争在“染色质结构与功能的调控”、“细胞谱系建立和转化的功能调控”、“细胞信号转导对炎症/肿瘤的调控”等三项重大科学问题上取得突破 。 2009-2011年，研究所新增科技部、基金委、中科院及上海市科委竞争性科研项目（课题）共184项，获得竞争性经费3.73亿元 。
重大科研项目（2009-2011年）
上海生化与细胞研究所历史启动的重大科研项目
干细胞战略先导科技专项
“干细胞与再生医学研究”战略先导科技专项是中科院第一批启动战略先导专项中唯一的生物专项，是“创新2020”实施方案的重要组成部分，第一期执行期5年（2011-2015），总合成经费9.2亿元
生化与细胞所积极承担专项科研任务，景乃禾研究院担任专项项目一“细胞谱系的建立于发育调控”负责人，13位研究员担任专项一、二、四学术骨干，获得子课题合同经费共计1.07亿元。自2011年初专项启动以来，至2012年，专项取得重大进展，至2012年7月，已发表Cell 1篇，Nature 2篇，Science 1篇，Cell Stem Cell 1篇， Nature Cell Biology 1篇，Developmental Cell 1 篇，Molecular Cell 1 篇 。 SCI论文发表（截止2015.01.31）
（生化与细胞所发表文章必为重要科研进展，均为英文文章。 基础研究文章不同于社会科学等文科论文，无灌水抄袭一说，请阅者尊重那些辛勤的科学家）
2015年，共计8篇，其中，Nature 1篇。
2014年，共计64篇，其中CNS（即Cell 、Nature、Science生命科学领域三大顶尖杂志）及子刊文章共计6篇。
2013年，共计66篇，其中CNS 文章5篇。
2009-2012年7月，研究所共发表SCI论文388篇 ，其中：
* 在国际顶尖期刊发表论文6篇，包括Cell 2篇，Nature 3篇，Science 1篇。
* 在国际一流期刊发表论文59篇，包括Cell Stem Cell 2篇，Development Cell 3 篇，Molecular Cell 1篇，Blood 2篇……
2001-2011年生化细胞所发表SCI论文篇均影响因子
注：影响因子是表征文章重要程度（质量）高低的一个指标，关于其正确与否存有争论，但需知在中国，影响因子超过5的文章即被认为是极高水平的工作成果，而绝大数发表的SCI文章（包括国内主办的一些杂志）影响因子往往在零点几，甚至无影响因子可言。
2001-2011研究所发表的影响因子>JBC(该杂志2014年影响因子4.60 )文章占全部SCI论文比例 上海生化与细胞研究所2001-2011年所获得的科研荣誉部分
获奖成果（2001-2013） 成果名称获奖时间奖励名称奖励/等级单位/排序DC细胞活化调控与Th细胞分化机制在免疫相关疾病中的研究2013国家自然科学奖二等奖1新的癌症靶向基因-病毒治疗（CTGVT）2013上海市自然科学奖二等奖1Nudel蛋白在细胞分裂、迁移和胞内运输中的功能和作用机理2012上海市自然科学奖一等奖1上海市青科技杰出贡献奖(李劲松)2012上海市青科技杰出贡献奖 阿尔茨海默病及相关认知障碍的发病机制和诊治的基础与临床2011上海市上海市科技进步奖一等奖2核糖核酸的结构、功能2009上海市自然科学奖二等奖1阿片类药物信号转导新机制及其在成瘾中的作用2009上海市自然科学奖一等奖2亮氨酰-tRNA合成酶对底物的识别2008上海市自然科学奖二等奖1精子在附睾中成熟的分子基础研究2008国家自然科学奖二等奖1G蛋白偶联受体信号与其它细胞信号通路间的对话机制2007国家自然科学奖二等奖1精子在附睾中成熟的分子基础研究2007上海市自然科学奖一等奖1G蛋白偶联受体信号与其它细胞信号通路间的对话机制2006上海市自然科学奖一等奖1细胞因子神经调节作用的分子机制2006上海市自然科学奖三等奖2核糖体失活蛋白与核糖体RNA结构与功能的研究2005国家自然科学奖二等奖1活性多肽毒素结构与功能的研究2005上海市自然科学奖一等奖1家蚕生物反应器生产生物制品的方法2004国家技术发明奖二等奖2上海市科技功臣(张永莲)2003上海市科技功臣奖 核糖体失活蛋白与核糖体RNA结构与功能的研究2003上海市自然科学奖二等奖1重组基因工程药物凝血因子FVIII的研究制与开发2003上海市自然科学奖三等奖1空间细胞电融合2003上海市科学技术进步奖三等奖3重组人表皮生长因子2002国家科技进步奖二等奖1蛋白激酶在阿片类物质介导的信号转导和耐受依赖中的作用2002国家自然科学奖二等奖2重组人表皮生长因子2001中国科学院科技进步奖二等奖1蛋白激酶在阿片类物质介导的信号转导和耐受成瘾中的作用2001上海市自然科学奖一等奖2日本血吸虫中国大陆株抗原基因的克隆和表达及动物保护效果评估2001上海市科技进步奖二等奖2帕金森病发病机制神经功能显像及基因治疗实验研究2001上海市科技进步奖二等奖2氨基酰-tRNA合成酶及其与相关tRNA的相互作用2001国家自然科学奖二等奖1 2012年上海生化与细胞研究所申请的专利
授权专利号专利名称授权发明人专利类型200710040600.0蓬乱蛋白和β-连环蛋白之间相互作用的调节剂2012-12-19李 林 甘肖菁 王计勇 席 莹 王 伟发明专利200710044543.3胆固醇代谢调节蛋白及其用途2012-11-07宋保亮 曹 剑 王 江 戚 炜 缪红华发明专利200910051737.5抗桥骨蛋白OPN单克隆抗体及其应用2012-09-12孙 兵 等发明专利200710043800.1一种胆固醇代谢调控药物筛选系统及方法2012-09-12宋保亮 唐静洁发明专利200910055694.8抑制癌细胞侵袭性的方法和试剂2012-09-12金由辛 史 毅 赵波涛发明专利200910051760.4CK19单克隆抗体 其制备方法及用途2012-09-12孙 兵 潘 荣 曹刘丽 季永镛 田 林发明专利200810202412.8一种利用单层培养技术制备和分离定型内胚层细胞的方法2012-09-12王 欣 徐晨欢 吕晓雯发明专利200910045147.1一种抗病毒相关蛋白及其用途2012-09-12王 琛 阳 凯 石贺欣 刘心义 单玉飞发明专利200910198665.715－氧代绣线菊内酯抑制Wnt信号途径的新应用2012-09-12李 林 王 伟 郝小江 刘海洋发明专利200810042946.9稳定表达细胞周期因子FoxM1的体系及其医药用途2012-08-15王 欣 何志颖发明专利200810200483.4一种定型内胚层细胞的制备和分离方法2012-08-15王 欣 丁小燕 李福明发明专利200710038085.2α－突触核蛋白在筛选帕金森症药物中的应用2012-08-15胡红雨 谢圆圆 林东海发明专利200410025464.4肝细胞癌相关的蛋白质分子标记异种核糖核蛋白K的筛选及其应用2012-07-25曾 嵘 王红阳 夏其昌 李 辰 谈冶雄发明专利200810207233.3抑制TM4SF4表达的干扰分子及其应用2012-07-25赵慕钧等发明专利200610031028.7一种体外酶催化合成腺苷甲硫胺酸的方法2012-07-18赵辅昆 罗赟星 袁中一发明专利200910051004.1一种固相化SUMO化系统及固相化去SUMO化系统2012-07-18杨淑伟 程夏楷发明专利200810203005.9一种重组表达可溶性转录中介体复合物Med23亚基的方法2012-07-04王 纲 黄 燕 姚 潇 杨冠珍发明专利200410025465.9肝细胞癌相关的蛋白质分子标记原癌蛋白18的筛选及其应用2012-07-04曾 嵘 王红阳 夏其昌 李 辰 谈冶雄发明专利US8193162B2肝再生 2012-06-05赵慕钧 刘章武 秦 佳 李载平发明专利200810200207.8转基因构建物及其在制备时空可调性肝脏损伤模型中的应用2012-05-02王 欣 胡 晓发明专利200810033254.8天花粉蛋白诱导的小鼠过敏性哮喘疾病模型2012-05-02孙 兵 王 媛 毛开睿发明专利200810033086.2非洲爪蟾XPAPC基因启动子及其组织特异性增强子2012-01-11丁小燕 王金虎 娄 鑫发明专利200810037362.2抗H5N1来源的血凝素蛋白的单克隆抗体及其应用2012-01-04孙 兵 庄筱筱 季永镛发明专利200810041219.0白念珠菌菌丝发育相关基因及其用途2012-01-04陈江野 逯 杨发明专利200510029160.X已酮糖（磷酸）激酶的应用2012-01-04曾 嵘 袁新雨 李 辰 周 晓发明专利200510029165.226S蛋白酶体调节亚基1非ATP酶的应用2012-01-04曾 嵘 袁新雨 李 辰 周 晓发明专利200510029155.9CD59糖蛋白的应用2012-01-04曾 嵘 李 辰 周 晓 袁新雨发明专利国际专利（2009-2011）
上海生化与细胞研究所获得的重大国际专利 一、培养目标
1. 具有坚定的社会主义信念，热爱祖国，遵纪守法；树立爱国主义思想；具有团结统一、爱好和平、勤劳勇敢、自强不息的精神；具备严谨的科学态度和优良学风，具有较强的事业心，积极为国家现代化建设服务。
2. 掌握本学科坚实宽广的基础理论和系统深入的专业知识，具有独立从事科学研究工作的能力，有良好的科研道德和为科学献身的精神，在科学或专业技术上作出创造性的成果。 3. 身心健康。
二、培养年限
硕-博连读生学制为5年，学习年限最长不得超过6年半。研究生应在规定的年限内完成学习任务。
三、学科专业及研究方向
培养硕-博连读研究生的一级学科为生物学，学科专业为生物化学与分子生物学，细胞生物学和发育生物学。研究方向形成了以基因表达调控为主要核心，蛋白质科学和表观遗传调控为主线的生物化学与分子生物学领域；及以增殖、分化、凋亡和迁移等细胞活动的信号网络为核心，细胞行为与命运决定和干细胞与个体发育为主线的细胞生物学领域。
四、培养方式
1. 硕-博连读研究生入学后，经过2-3个实验室轮转学习，进行导师与学生的双向选择，确定导师。在研究生培养过程中实行导师负责制。 2. 研究生进入实验室后，在导师指导下确定科研方向，选择研究课题，研究所统一组织开题报告。研究生根据开题报告的评议意见进入论文工作。 3. 硕-博连读研究生入学时按照硕士生培养，入学后第二学年第二学期进行转博考核，即博士生资格考核。硕士研究生转为博士研究生培养时，应由本人提出申请，并获得导师推荐，由导师小组在考核前对研究生的课题工作给予指导，研究所组织考核小组根据研究生的在学成绩和研究课题内容进行审核。审核通过者可攻读博士学位；未通过者半年后可以有第二次考核机会。最终没有通过者改作硕士培养或退学处理。 4. 硕-博连读生转博后在博士二年级开始时由研究所组织考核小组对其课题工作进展进行考核和指导，即相对标准考核，未通过考核的可以半年后进行第二次考核，仍未通过者建议硕士毕业。 5. 研究生在博士三年级按照生科院的要求完成专业综述，以加强对其研究领域的深层次认识。同时研究所组织一次工作进展考核。如果研究生在考核前已达到研究所毕业答辩的发表论文要求的，可以不参加工作进展考核，届时需提出申请并提交已发表的论文。对于考核不通过的学生，建议其硕士毕业或退学。 6. 为扩大学生知识面，研究生每学期必须参加各类学术报告不得少于6次，并于每学期末提交每次报告的题目，时间，报告人以及100字左右摘要或体会。 中国科学院上海生命科学研究院研究生奖学金 年级硕士研究生硕博连读研究生博生研究生一220022003100二240024003400三260031003800四 3400 五 3800 注：1 以上奖学金为研究生所在年级的平均数
2 所有在读研究生部收学费
3 自2014年下半年始，奖学金略有提高。
4 奖学金由国科大和实验室共同承担，以二年级2500元（2015年）为例，国科大 500元，余下由实验室发给。
5 中科院研究生除基本奖学金外，还有诸多竞争性的奖学金和各种福利。
