·1278年，福建全境入元版图。元朝中央设置中书省，作为全国最高的行政机构；地方设行中书省作为地方政权机构，行中书省下设路、府、州、县。
·1280年，改福建路为福建、泉州、隆兴三个行中书省，后来全部撤消。1321年，福建境内设八个路，均归江浙行中书省管辖。1356年，撤福建路，成立福建省，此为福建设省的开始。 南宋时泉州与广州并称为全国两大商港。元代掌握泉州军政大权的蒲寿庚弃宋降元，使元代 前期泉州港非不但没有受到破坏，反而成为东方第一大港，与埃及的亚历山大港并称为“世界最大的贸易港”。许多穆斯林从海上丝绸之路直接涌入泉州，在泉州修建了多座清真寺，由于伊斯兰教过于兴盛，以至不少汉人被融合而皈伊斯兰教。当时不仅泉州，闽中、闽北也出现许多伊斯兰教徒。天主教于元代传入泉州，元代中国天主教仅有两个教区，一个在泉州，另一个在北京。
·1357年，亦思法杭人赛甫丁凭其所拥有的武装和市舶的财源，伙同阿米里丁割据泉州，伺机北略兴化、福州，妄图建立“亦思法杭国”。 1366年福建行省参政陈友定奉命讨伐番寇，收复兴化，攻克泉州，收复漳州，长达九年之久的亦思法杭兵乱遂告平息。 1367年，朱元璋在东南一带击败方国珍，决定分水陆两路向福建进军。其中水路则由征南将军汤和、副将廖永忠率舟由明州(今宁波)浮海取福州。不数日，汤和取得福州，派人招谕兴化、漳州、泉州等地。1376年，明廷废除行中书省机构，各省分别设立承宣布政使司、提刑按察使司和都指挥使司，以掌行政、司法、军事大权，布政使司下领府、州、县。洪武二十五年（西元1392年），福建按察分司置宁武道、延汀道、漳泉道三道，泉州府属漳泉道，漳泉道管辖泉州、莆田、漳州。 洪武二十九年（西元1396年），福建按察分司调整合并为建宁道、福宁道二道，泉州府属福宁道，福宁道管辖福州、宁德、泉州、莆田、漳州。
·福建全省八路改为福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。1473年，恢复被废为县的福宁州，直隶于布政司，合计“八府一州”。明代福建在造船业、印刷业、制瓷业等在全国继续保持领先地位。教育继元代中落后，又进入一个昌盛时期；虽然王阳阴学说的出现的冲击了朱子学说，但闽学在福建不但长盛不衰，还有创造性发展。在充满希望的十四世纪，福建如果凭借长期发展起来的工商经济机制，凭借其特有的沿海地理条件，应该在全国最早崛起。但明代统治者志在铲除东南沿海已有的城市经济基础，再加上倭祸严重，明代统治者多次在福建沿海实施严厉的海禁，规定濒海百姓不得擅自下海与番国买卖，并强迫沿海一些岛屿居民内迁大陆。二百年的海禁，极大遏制了福建的发展。海禁促使民间走私贸易发达，走私的中心是漳州龙海的月港，成为与福州港、泉州港、厦门港并称的福建古代四大外贸商港。
·倭祸，在明朝初期就有了。自嘉靖之后，明朝海军渐渐衰败。元末明初，日本分裂为南北朝。西南各领主，为了筹集饷款，常派武士来中国沿海抢掠。南朝覆灭后，一部分武士不肯归顺北朝，便下海为寇。明初，被朱元璋消灭的张士诚、方国珍的残余势力逃窜海上，与倭寇相勾结。另有中国沿海一些豪商抵赖不还倭商的货债，倭商愤而烧杀抢掠这些豪商后，也加入倭寇队伍。中国的一些走私犯法分子和海盗，为了与官府对抗，也与倭寇狼狈为奸，使中国东南沿海的倭祸日益严重。嘉靖中期开始，戚继光与俞大猷等多次入闽，扫清福建内的倭寇，取得抗倭胜利。明 董其昌《节寰袁公行状》：“念其昌与公（袁可立）同举于兰阳陆宗伯先生之门，更有秦中武公（武之望）、闽中林公（林廷奎）皆以不善宦。” 清初，福建先后隶于南京弘光政权和福州隆武政权，并两次被清军攻占，一次为浙江鲁监国起兵克复。至1661年清政府实行截界之前，福建沿海仍处于郑成功(奉南明永历为正朔)和清朝两面政权的统治之中。
·清廷为断绝沿海人民与郑成功联系，不准本地商船运货出海，又下诏沿海地区内迁三十里。后来虽允复界，但又实行闭关政策，沿海一带仍然恢复缓慢。至清政府统一台湾后，才准许商民出海贸易，福建对外贸易转至以厦门为中心，漳州、泉州为两翼。
·清朝，省下分道、府、县三级。与府并行的有直隶厅、州；与县并行的有厅。
·清代在福建设置闽浙总总督和福建巡抚。清初省下辖有福州、兴化、泉州、漳州、延平、建宁、邵武、汀州八府。清朝前期开始在省、府间设置道， 比如兴泉永道 ，下辖泉州府五县、兴化府莆田、仙游两县，永春州等，管辖今 泉州,莆田,厦门 和大田县 . ，清代兴泉永道道台中期自莆田移驻泉州，再从泉州移驻厦门。 清代朝廷《圣祖实录》卷三十三、乾隆《福建通志》卷二十 ：康熙九年四月，西元1670年恢复置兴泉道，领兴化、泉州二府。清代开始，厦门岛隶属福建兴泉永道。 康熙二十三年（1684年）从兴泉道管辖下设台厦兵备道，康熙二十五年（1686年）以泉州府同知分防设厅，雍正五年（1727年）起属于兴泉永道，兴泉永道辖今泉州、莆田、厦门，永春州、大田县，道台自泉州移驻厦门。 《世宗实录》卷五十三：雍正五年，西元1727年，徙兴泉道道治于泉州府属厦门厅。 《世宗实录》卷一四三：雍正十二年，西元1734.6升泉州府属永春县为永春州来道属，改道名为兴泉永道，至清末，兴泉永道领府二一州：兴化、泉州、永春州，直隶州一：永春州。 新中国1970年前的晋江地区(今泉州）北部等；在今天漳州、龙岩地设置汀漳龙道，下辖汀州府之县、漳州府之县，龙岩州等，延建邵道（今福建沙县、三明市、将乐、尤溪、南平、邵武府）。1684年增设台湾 府，隶属福建省。至1886年，福建省才分出台湾府设台湾省。至清末，有九府二州、五十八县、六厅。
