1995年1月30日，复兴航空一架ATR72型客机，航班编号GE510A，飞机编号B-22717，因为农历除夕，载客由台北至马公后，空机飞返台北松山机场，途中偏离航道于桃园龟山兔子坑撞山坠毁。机上无乘客，正副驾驶及空中服务人员等四名机组殉职。 2002年9月5日，复兴航空航班编号GE517班机，国籍标志及登记号码B22810，机型ATR72-212A，预计由台北松山机场飞往澎湖马公机场。台北时间1814时，该机于松山机场起飞后爬升至500呎，塔台告知该机之尾翼冒出火花及浓烟，二号发动机火警警告亦同时产生；1814：50时，该机继续爬升至800呎左右，此时非操控驾驶员发现驾驶舱冒出白烟，立即执行空中关车及灭火程序并决定返航。约于1839时降落松山机场。机上驾驶员2人、客舱组员2人及乘客43人皆平安；航空器除二号（右侧）发动机损坏外，其余正常。
2002年12月21日台北时间 01:52，复兴航空GE791货机执行桃园至澳门之货运班机任务，机型为ATR72-200，国籍标志及登记号码为B-22708，于飞航中遭遇积冰（Severe Icing），除冰失败后，在马公西南方约17公里处失控坠海，机上驾驶员2人均失踪殉职。
2003年3月21日，复兴航空航班编号GE543客机，机型空中客车A321，登记号码B-22603，于2003年3月21日，本地时间下午22：35（1435UTC）降落台南机场时，撞及36R跑道上施工之空军台南基地工程车。机上计有正副驾驶2人、客舱组员4人及乘客169人均安，工程车驾驶受伤送医。飞机左起落架、左轮舱门、左内侧后缘襟翼及左后方机身受损。
2003年12月25日，复兴航空航班编号GE006班机，机型ATR72-212A，国籍标志及登记号码B-22805，于0740时由花莲飞台北松山，执行载客任务，机上有飞航组员2人、客舱组员2人与乘客18人。飞航途中一切正常，直至进场 0813:20 时至 0813:55 时（飞航资料纪录器记录之高度分别为1,099呎及686呎）之间，座舱语音纪录器记录十余次警告音响（音响作动时间长短不一，最长约1秒钟）。飞航组员发现中央组员警示系统（Centralized Crew Alerting System，CCAS）红灯瞬间闪亮又熄灭，确切闪亮灯号未能辨明。0815时在松山机场10跑道落地，着陆滚行时ㄧ号发动机火警警示灯亮。飞航组员按程序关断1号发动机燃油开关手柄（Condition Lever，CL-1）并拉出该发动机T型断油手柄（T-HANDLE），火警警示灯随后熄灭。飞航组员请客舱组员检视1号发动机外观未发现异状，未击发灭火瓶，继续滑行至停机坪。落地后检查发现，1号发动机附件齿轮箱匣右上方穿洞，其附近及线头有烧灼痕迹。该机滑至停机坪后，机上人员依正常程序下机，人员无伤亡。航机结构经检查未发现损害。
2004年10月18日，复兴航空航班编号GE536班机，A320-232型机，国籍标志及登记号码B-22310，由台南机场飞抵台北松山机场10号跑道落地着陆后，在跑道末端清除区滑入左侧草坪，于鼻轮滑进宽约1.5米、深约1米之排水沟中后停止。
2005年7月19日19:15时，复兴航班编号GE028班机，机型ATR72，国籍标志及登记号码B-22805，花莲飞抵台北松山机场10号跑道进场落地，由EH滑行道脱离，在CC滑行道提前右转进入勤务车道，右机翼前缘撞及停机坪照明灯柱后停止。机上驾驶员2人、客舱组员2人、乘客24人，其中客舱组员1人轻伤，余均安；右机翼尖部位上下蒙皮破裂、前梁及隔舱壁钣变形，机坪照明灯柱无损。
2012年5月2日下午17:49时，复兴航空航班编号GE 515班机，机型ATR72，国籍标志及登记号码B-22810，由台北松山机场起飞执行载客任务，目的地为马公机场。起飞通过约5,500呎时，1号发动机滑油警告灯闪，滑油压力表摆动，之后1号发动机火警警告出现。组员依程序执行处置，致动两只灭火瓶并将1号发动机关车返场。落地前，塔台询问是否需地面支援；组员检查发现火警情况已消失，回答不需支援。航机于1827落地，机上驾驶员2人、客舱组员2人、乘客72人，人员无伤亡。
2013年7月1日，复兴航空一架ATR72客机通报目的地机场发动机发生火警，目的地机场宣布可优先落地后，客机安全落地。机上驾驶员2人，客舱组员2人，乘客72人，人员无伤亡。
2013年7月2日，复兴航空一架A320客机，执行台北桃园-琉球航线加班机任务，执行起飞前机舱门安全检查时，一名空服员操作时因精神不济，误将机上逃生滑梯放下并充气。航班被迫换机，因此延误三小时登机。复兴航空已在讨论惩处方案，并将其通报民航局。
2014年7月23日，复兴航空GE222号ATR-72型飞机在澎湖县马公市降落时重摔，已造成47人死亡，11人受伤。
2014年7月28日，台湾复兴航空一架GE765编号的A320客机，原订28日晚间5时50分从帛琉起飞抵达桃园机场，因高频无线通信设施故障，机长起飞前发现，决定暂停起飞。
2015年2月4日上午10点半左右，一架台湾复兴航空GE235的ATR72飞机从台北松山机场起飞后不久擦撞高架桥，坠入基隆河，断成几截。 在南港失联，在南湖大桥旁坠河，疑似复兴航空轻型民航机撞到高架桥坠落，掉落于距离南湖大桥约800米的内沟溪抽水站，未起火，约10人待救。复兴航空表示，正在查证中，查明后将一并对外说明 。截至2015年2月4日17:32，共有20人遇难。正在擦过高架桥时，还将一辆计程车擦撞！飞机的黑匣子均已找到。
