衡阳市发展计划委员会根据其职责设有多个内设机构，包括：
办公室：负责日常协调工作，如会议组织、文电管理、秘书事务、信息处理、工作监督、提案议案办理、机要档案管理等。同时，还负责行政事务，如财务、资产管理、保密、保卫、老干部管理、工会、党务和计划生育工作。
国民经济综合规划与法规科：研究国民经济和社会发展战略，编制中长期发展规划，参与经济法规起草和执法，分析宏观经济形势并进行预测预警。
经济政策协调与经贸流通科：研究财政、金融和价格政策，负责企业债券管理，协调市场建设规划，监测市场运行并提出调控政策。
投资科：负责全市投资宏观调控，编制固定资产投资计划，审核和审批基本建设项目，管理重大项目总库。
地区经济发展科：负责区域经济发展规划，协调地区经济、国土开发及资源保护工作，参与编制相关规划。
对外经济发展科：制定利用外资战略，负责外债总量控制和利用外资项目管理。
工业经济和基础产业发展科：研究工业发展战略，负责工业生产力布局与结构调整，参与资源节约和综合利用。
农村经济发展科：提出农村经济发展战略，负责农业、林业等发展规划和项目的审核与实施。
第三产业发展科：研究第三产业发展，编制发展规划，负责新型市场和旅游项目的审批工作。
高新技术产业发展科：制定高新技术产业发展战略，推动产业化关键技术的研发和产业化项目申报。
社会发展科：协调社会发展中长期规划，管理城市人口增长，负责社会事业项目计划和专项资金安排。
招投标协调监管办公室：指导协调招标投标活动，核准招标方式和范围，进行监督检查。
重大项目稽察特派员办公室：负责对重大项目进行全过程监督，包括工程招投标、建设质量等。
饲料管理办公室：制定行业发展规划，审批生产经营许可，负责饲料安全监管。
组织人事宣传教育科：负责委机关人事管理、干部教育和宣传工作。