要说这事首先要弄清楚菩提祖师的身份，其次要弄清楚孙悟空的出身和使命，最后再说他们之间的关系。
菩提祖师身份。西游记中说他儒释道三家集大成者，在给孙悟空传艺时，一会讲道一会说佛一会论儒，讲的天花乱坠，地涌金莲，并且以道家外相示于人前，可见他并不想让世人包括悟空知道自己的真实身份。这里我们就要问问为什么他要这么做呢？仅仅是因为他未卜先知已看到悟空将来要闯大祸捅篓子，给他丢脸？可是孙悟空最后又修成正果了呀！逻辑上说不通。也有人分析菩提祖师就是如来佛祖本人化身，并在书中找到很多证据，在我看来具有一定的可信性！如来隐藏自己身份传艺孙悟空，只教武艺不教佛理，也不管束，还不让孙悟空说出去，那就是为了让他去闯祸，而自己深居幕后，等着事情搞大以后出来收场。这让当然就不能早早明示身份！最好的伪装就是要集儒释道三家大成，以似道似儒的面目示于人前。
孙悟空的身份。石猴一块得日月天地之精华的石头化成胎，最后竟然成佛了！我靠！这得需要多大的造化呀！试问都有谁有让石头成佛的本事？换个说法，成佛这事谁说的算！当然只有佛祖如来，他说让谁成佛谁就成佛了。再回到西游记这部以神话暗喻现实小说来看，这给石头得日月精华化胎成佛的“神话”谁相信？反正是我不信！所以石猴身份就很可疑，我想他必定有来头，却又要隐藏真实身份学道家武艺去完成自己的使命！所以取经从头到尾就是一个精心策划的战略行动，而孙悟空也一定是佛祖安排的角色！至于是石猴还是其他什么的反而就不重要了。
菩提祖师与孙悟空的关系。师徒关系肯定是确定无疑的，孙悟空从菩提祖师这里启蒙学艺，按理说孙悟空武艺是学好了，可是修行还很差，这样的顽劣徒弟菩提祖师能让他出门本身就值得琢磨！西游记中说菩提祖师为了害怕其他人向悟空求艺，悟空若不答应可能被害为由将他赶下山。听起来好像有道理是为了悟空好，似乎有些牵强，因为这时的悟空已经很有本事了，都能大闹天宫了，还有谁能加害他呢！悖论啊！我怀疑只有一种可能就是取经之事已经等不及了，悟空必须出山搞事了！
取经任务内幕作为佛界最重要战略部署之一，必须严格保守秘密！所以菩提祖师已经完成了自己的使命，他做为如来的化身也就没有必要再与悟空见面，并叮嘱悟空要保守秘密，当然最好保密方式就是再不相见永远消失！