省质量技术监督局根据其职责设置了多个内设机构，以确保高效运作和管理。以下是主要部门的职责概述：
1. 办公室：负责机关的日常行政管理工作，包括文电处理、信息安全、财务资产管理、协调督查、突发事件应对方案制定、政务公开和新闻发布。
2. 计划财务审计处：负责全系统的财务规划、预算编制、执行监督以及资产管理，包括资金、装备、国有资产等管理，并负责内部审计工作。
3. 科学技术处：负责科技发展规划和实施，以及科研和技术引进，指导技术机构建设，进行统计工作。
4. 法规处：主要负责法规起草、宣传教育、行政执法监督，以及行政复议和应诉工作，管理行政执法人员资格和规范性文件审核。
5. 人事处：负责干部人事管理、教育培训和职业资格工作，协助哈尔滨市质量技术监督局领导班子管理，负责出国人员政审和外事事务。
6. 质量管理处：负责全省质量政策制定、质量奖励制度实施，推进名牌战略，监控产品质量，管理工业产品生产许可证，以及产品安全和防伪监管。
7. 产品质量监督处：制定产品质量安全监督制度，实施监督抽查，指导行业和地区质量监督，处理产品质量事故和强制检验工作。
8. 执法督查处：查处标准化、计量、质量等违法行为，组织专项整治，打击假冒伪劣行为。
9. 食品生产监管处：负责食品安全监管，包括生产许可、检验机构管理，以及食品安全事故调查处理。
10. 标准化处：制定和监督地方标准，管理企业标准化工作，以及组织农业标准化和标准化信息工作。
11. 计量处：推行法定计量单位，管理计量标准，负责计量器具管理，规范计量工作，以及能源计量指导。
12. 认证认可处：对实验室和检查机构进行技术能力评审、资质认定，监督认证机构行为，负责强制性认证产品检查。
13. 特种设备安全监察处：负责特种设备的安全监察，包括设计、制造、使用等环节的监管和事故处理。
此外，还有机关党委负责党群工作和精神文明建设，以及离退休干部工作处和纪检监察机构，分别负责机关退休干部管理和纪检监察工作。
根据《黑龙江省人民政府机构改革方案》，设立黑龙江省质量技术监督局，为省政府直属机构。