2002年《画中情》在赴香港的慈善义演中引起轰动。
2003年剧团改编排演了大型贺岁越剧《双狮宝图》。
2004年，对《九斤姑娘》《豆腐郎》《观音得道》等剧目、以及折子戏进行整理加工上演。
2009年2月舟山市越剧团和舟山剧院进行重组，成立舟山市艺术剧院。组建成为融艺术创作、文艺表演、演出经营、剧场服务等多种文化经营于一体的专业文艺团体。合力协调的院团改革，激发了剧团的活力和创造力，近几年，剧团一直着力打造海洋文化精品。
2010年，复排演出《王老虎抢亲》《血手印》《哑女告状》《碧玉簪》《花中君子》等传统戏，坚持“三下乡”等文化惠民工程。
2013年12月8日，著名越剧尹派小生萧雅携手浙江舟山小百花越剧团在南京献演经典越剧《何文秀》，在南京大行宫会堂上演。
2014年3月23日，舟山市越剧团在上海兰心戏院进行第888期”星期戏曲广播会“专场演出，由上海电台戏剧曲艺广播现场直播，上海电视台七彩戏剧频道录播。折子戏专场有《沈清传》、《盘妻索妻·赏月》、《花中君子·骂堂》、《海兰花》、《双狮宝图·代狱》、《九斤姑娘·相骂本》选场。 剧团曾在2000年赴法国、德国、荷兰、比利时。卢森堡等国家访问演出中得到了国外观众的好评。
2004年由舟山市越剧团创排的越剧界首创越剧“清唱剧”《沈清传》，在越剧表演形式上大胆创新。该剧曾赴韩国进行文化交流演出，得到了韩国观众以及国内专家、观众的高度赞赏！
2010年舟山市越剧团远赴日本东京参加日中友好会馆举办的“第20届中国文化日”交流演出活动。
2011年9月起，萧雅携舟山小百花越剧团先后复排《状元未了情》《盘妻索妻》《何文秀传奇》，并在浙江、江苏，甚至上海、北京的大剧院演出，受到观众欢迎 。三次晋京演出，央视戏曲频道《空中剧院》三次进行了现场直播、录播。
2013年，剧团首次尝试创排越剧现代戏和“男女合演”模式，取材舟山优秀共产党员杨兰娟先进事迹创作排演了越剧现代戏《海兰花》。 2010年5月7日晚，舟山越剧在历经53年后，首度进京展演 ，一圆多年梦想。此次晋京演出是舟山市艺术剧院应邀参加了“第二届中国越剧艺术节进京献礼演出‘同唱一台戏’北京越剧大舞台”演出活动，为首都群众献上了两部具有鲜明舟山海洋文化特色的大戏《东海明珠》（吴秋萍、刘南燕、陈娜君、金梦超领衔主演）和《观音得道》（刘南燕、陈娜君领衔主演 ），并于5月7、8、9日在北京长安大戏院连演三天。5月7日晚，原中共中央政治局常委、中央书记处书记、中纪委书记尉健行也前来观看了演出，并致予了高度评价。
2012年6月2日、3日，舟山艺术剧院越剧团再度进京，登上北京长安大戏院舞台。同著名越剧演员萧雅，上演经典剧目《何文秀传奇》和《状元未了情》。6月2日，中央电视台戏曲频道对《何文秀传奇》进行了现场直播。
2012年，由越剧名家萧雅、舟山小百花越剧团演员联袂演出的越剧《新巡按斩父》作为文化部“2012年全国优秀剧目参演剧目”之一，为党的十八大献礼进京献演。10月30、31日在中国儿童艺术剧院亮相。全国人大常委会副委员长路甬祥、陈至立，中纪委副书记张惠新，全国人大教科文卫委员会副主任委员金炳华，文化部副部长董伟观看了演出，并亲切接见演职人员，给予了高度评价。
