厦门市人民政府机构编制办公室内部设有三个核心职能部门，以确保高效运作和政策执行。
第一个部门是综合处（机构编制监督检查处），主要职责包括协助办领导协调日常事务，参与机构编制管理，监督执行各级机构设置和人员编制政策，制定内部管理制度，审核业务文件，负责机关行政事务和后勤保障，进行综合调研并草拟相关规章，负责机构改革试点和政策法规解释等。此外，他们还负责党政群机关、事业单位的统计和培训工作。
第二个部门是机关编制处，负责研究和拟定行政管理体制改革方案以及相关政策，审核市级机关、事业单位、派出机构的职能配置、人员编制和领导职数，协调市级机关职责分工和职能调整，审核各级机构设置和行政编制总额，以及各类开发区的行政管理机构设置。他们还负责政法系统专项编制的管理和机关离退休干部工作的编制管理。
最后一个部门是事业编制处，专注于事业单位机构改革和编制管理。他们研究制定相关政策法规，审核市属事业单位的机构调整方案，确定编制标准和人员结构比例，负责市属事业单位人员编制计划的编制和审批。此外，他们还监督指导区级事业单位的工作，协调省在厦事业单位的机构编制事务，并承担事业单位的统计和培训任务。
根据《中共福建省委、福建省人民政府关于厦门市党政机构改革方案的通知》（闽委[2001]127号）、《中共福建省委、福建省人民政府关于市县乡党政机构改革的意见》（闽委[2001]9号）以及《中共厦门市委、厦门市人民政府关于实施市级党政机构改革方案的通知》（厦委[2002]005号）文件精神，中共厦门市委机构编制委员会办公室（厦门市人民政府机构编制办公室）主管全市行政管理体制改革、机构改革及机构编制工作，为市委机构编制委员会常设办事机构，既是市委工作部门，又是市政府的工作部门。