内丹学以精气神为人体生命活动的三大要素，内炼成丹的“药物”，尊称为“三宝”、“三奇”《心印妙经》说：“上药三品：神与气精”。精，原义指精微之物，为“粗”的反义词，内丹学用以指人体水液中的精华。钟离权解释说：“夫所谓精者，水中之气也”，“五谷之真气为心所窃，而化为血，于是血复化为液”（《道枢·百问篇》），此液之精华谓之精。气，原义为无形相可见而具活动力者，内丹学专指人身中的生命活力或生命能量。神，指心识、精神作用。精气神三，盖皆从功能、作用立义，精的作用为滋润化育，属生化能；气的作用为活动运转，属生理能；神的作用为觉知主宰，属心理功能。明·陆西星《心印妙经注》释云：“灵明知觉之谓神，充周运动之谓报，滋液润泽之谓精。以其分量而言，则神主宰制，气主作用，精主运化，各专其能。”王阳明《传习录》解释内丹精气神久云：“流行为气，凝聚为精，妙用为神”。若再概括而言，则精、气为一，精属于气，为气之发动，《真诠》说：“精气只是一物，言气则精在其中矣 。”
内丹学还指出精气神生发敛藏的部位，谓神藏于脑，以上丹田泥丸宫（眉间向内深入三寸）为府；精气生于肾，以脐部下丹田为蒂，所谓“顶为性根，脐为命蒂” 。
内丹学认为：精气神三者，一休不离，互相依存，互相转化。钟离权说：“气在则神存，神去则气散。”神、气须臾分离，生命便告结束。陆西星《心印妙经注》说：“神之所至，气亦至焉；气之所至，精亦至焉；又皆相依相济，以成自然之用。”就三者的依从关系而言，神依气生，气依精生，精依形生。宋·翁葆光《悟真篇注》说：“神因气立，气因精生，精能生气，气能生神，形不得神而气不得生，神不得气而精不得生，神气不得形而不能立，三者相依。”据此而言，则精气为神的精细物质基础，身体（形）为精气的粗物质基础，神为精气的功能。就三者的转化关系而言，如陆西星《心印妙经注》所说：“精能化气，气能化神。”神反转过来也可转化为精气；若任情纵欲，耗神过度，神亏则精气必专职，导致病衰夭亡。若善于调心，保持心理平衡，精神恬愉，可使精气旺盛，所谓“神全则气旺，气旺则精足”，精足则身强体健，精力充沛 。
精气神三者中，唯神独具宰制、自我调控的奇妙作用，故内丹学尊之为主。宋·张伯端《青华秘文》力论：“神为主”、“气为用”、“精从气”，并说：“全丹之道，始终以神而用精气者也”，强调练功以炼心为首为主。《道枢·虚白问篇》把精气神比喻为封建社会的君民关系：“圣人以身为国，以心为君，以精气为民 。”
