维西傈僳族自治县县境位居三江并流地带。云岭山脉东濒金沙江，西临澜沧江，自北往南延伸，切割剧烈，气势雄浑；碧罗雪山矗立于澜沧江与怒江之间，群峰巍峨，连绵起伏，形成天然屏障。地势大起大落，由南往北呈阶梯状台升。位于县境西北的查布朵嘎峰，海拔4800米，是全县最高海拔，而位于县境南端的澜沧江与碧玉河交汇口，海拔1380米，是全县最低海拔。全县境内，海拔在3000米以上的山峰共有164座，地形北窄南宽，全县平均海拔2340米，县城保和镇海拔2320米。
县境地貌类型复杂多样，有高山、河谷、山间小盆地和高山褶断，凹陷枯湖沉积地或草甸，由于河水冲刷和自然风化，地貌常被分割，形成典型的“V”型地貌。有分布不均、大小不等的坡积，冲积和冰积物，形成形态各异的河谷区和高山草场、林场，组成高低不等的河谷台地，洪积扇地和滩地。 截止2013年，维西傈僳族自治县发现的脊椎动物有716种，有害昆虫1886种，资源昆虫1316种。飞禽走兽中如羚牛、云豹、穿山甲、赤斑羚、小熊猫、棕熊、滇金丝猴、红腹锦雉、红腹角雉、大绯胸鹦鹉、黑顶长尾雉、金猫、雪豹、白尾梢虹鸡等，属国家保护的珍稀动物。其中的一级保护动物滇金丝猴，是继大熊猫之后的又一国宝，全国仅有1000多只，而在县境的原始森林中生活着11群870多只。
截止到2013年，维西傈僳族自治县植物资源以建材、药用、食用菌和观赏类植物为主，资源极为丰富，全县森林面积5216196亩，森林覆盖率为77.5%，已查明的树种有146科、77属、2357种，其中有秃杉、珙桐、榧木、三尖杉、红豆杉、长苞冷杉、丽江铁杉等珍稀名贵树种。药用植物有241科、633属、867种，其中红豆杉、八角莲、胡黄莲、天麻、虫草、雪上一枝蒿、雪莲花等均属名贵药材。珍贵美味野生食用菌有松茸、羊肚菌、金耳、黑木耳、香菌、鸡油菌、牛肝菌、竹荪等。观赏类植物有杜鹃、兰花、龙女花、马桑绣球、云南山梅花、灯笼花、秋水仙、龙胆草、百合花、报春花、绿绒蒿等360多种。其中杜鹃和珙桐，早在上世纪末本世纪初被英、法、瑞士等传教士引至国外种植而享有盛誉。兰花更以质优类繁而著称于世，“太白素”曾荣获第二届全国兰花博览会金奖。维西向被专家誉为“天然杜鹃花园”，共有杜鹃花74种，其中19种以县境为原模式产地，凸叶杜鹃叶片长达74厘米，堪称世界之最。
