基因捕获技术根据其工作原理和报告基因的表达机制，主要分为三种类型：增强子捕获、启动子捕获和基因剪接捕获。
首先，增强子捕获载体的特点是包含一个简化启动子和翻译起始点。当这种载体与顺式增强子元件紧密相邻时，增强子会调控报告基因的表达。然而，关于增强子捕获的诱变比率尚无明确数据，但根据插入特性推测，这种捕获方式产生功能失活突变的可能性较低。因此，在小鼠模型中，增强子捕获的使用较为有限。
启动子捕获载体则是由不含启动子的报告基因和筛选标记基因组成。报告基因只有在载体插入到内源基因编码序列中形成融合转录本时才会表达。然而，由于插入内源基因编码区的概率较低，启动子捕获的致突变风险较高。为了筛选出成功插入的细胞，载体通常包含筛选标记基因，如neo或β-GEO融合基因。
基因剪接捕获则依赖于载体中无启动子序列的报告基因上下游的剪接受体和多聚腺苷酸加尾序列。当顺式作用的启动子和增强子被激活时，载体的剪接受体与内源基因的剪接供体结合，产生融合转录本，从而改变内源基因的表达。这种捕获方式效率相对较高，可提高50倍，尤其适用于内含子插入。然而，选择性剪接可能导致产生低水平的野生型转录本，形成部分功能的突变等位基因。
基因捕获技术是目前最具应用前景的基因克隆方法之一。利用该技术建立的随机插入突变的突变体文库，可用于寻找、鉴定和研究大量未知功能和已知功能的活化基因，它是继自然突变、物理突变和化学突变之后发展起来的新的分子生物学方法。基因捕获载体是带有报告基因和/或选择标记基因的不完整的基因表达载体；这些载体所带的基因只有在整合到宿主功能基因内部且与融合的宿主基因编码框一致时才能得以表达。