深圳证券市场的起源可以追溯到1986年，当时一些企业为了解决经营困境，开始进行股份制改革。1988年4月1日，深圳发展银行在特区证券公司的柜台首次进行了证券交易，标志着深圳证券市场的起步。深圳证券交易所随后在深圳市国投证券部和中行证券部相继开业，万科、金田、安达、原野（世纪星源的前身）等企业相继发行股票并上市交易，这些股票在“老三家”证券部的柜台交易，奠定了深圳证券市场的基础。
1989年11月，深圳市政府决定建立深圳证券交易所，1990年12月1日，交易所试营业。初期，王健和禹国刚被任命为深圳市政府主持工作的副总经理。交易所初期由中国人民银行深圳市分行管理，直到1993年4月1日深圳证券管理委员会成立，管理权划归该委员会。随着交易活跃度提升，上市公司数量增加，深圳证券交易所的影响力不断扩大。在1996年牛市行情中，为维护市场稳定，深圳与上海交易所之间展开竞争，国务院于1997年8月15日决定，将证券交易所划归中国证监会直接管理，总经理和副总经理由中国证监会任命，理事长、副理事长由证监会提名并经选举产生。
在发展过程中，深圳证券登记公司起初独立于交易所，负责股票托管和结算工作。1996年，深圳证券登记公司更名为深圳证券结算公司并并入交易所，成为其全资附属公司。然而，2001年9月，深圳证券结算公司再次独立，与上海证券结算公司合并，共同组建了中国证券登记结算有限责任公司。这样，深圳证券市场的服务体系经历了从独立到整合，再到专业化的演变。
深圳证券交易所位于深圳罗湖区，地王大厦斜对面。成立于1990年12月1日，于1991年7月3日正式营业，是为证券集中交易提供场所和设施，组织和监督证券交易，实行自律管理的法人，由中国证监会直接监督管理。深交所致力于多层次证券市场的建设，努力创造公开、公平、公正的市场环境。主要职能包括：提供证券交易的场所和设施；制定本所业务规则；接受上市申请、安排证券上市；组织、监督证券交易；对会员和上市公司进行监管；管理和公布市场信息；中国证监会许可的其他职能。04年 9月6日，实施《上市公司股权分置改革业务操作指引》。