驻马店市政府办公室的组织机构包含多个职能科室，每个科室负责特定的工作职责。以下是部分科室的详细描述：
秘书科: 提供市政府领导的个人服务，包括会议组织、接待、文电处理、印章管理、公文规范化指导、大事记编辑和值班报告等，同时负责报刊杂志的收发。
综合科: 主要负责文电审核，市长讲话起草和审核，市政府重要文件的起草，以及对全市政府办公室文秘工作的业务指导。
督查室: 负责监督执行省委、省政府、市委、市政府的公文要求，会议决定事项，领导讲话和批示的办理，以及代表建议和提案的落实。
目标科: 管理市政府的责任目标，分解、检查、反馈各级政府的考核任务，拟定并指导目标责任制的考评方案。
信息科: 制定并实施政务信息工作计划，采集、筛选信息，为政府决策提供支持，并组织信息研究和交流。
调研室: 通过专题调查研究，为市政府提供决策建议，关注社会热点，负责调研成果的认定、登记和考核工作。
一至八科: 根据市政府领导分工，负责起草、审核文电材料，会议服务，调研支持，为领导决策提供资料。
机要科: 负责国务院、省政府文件的接收和管理，确保文件安全，以及机关的文书档案工作。
人事科: 负责人事管理、调配、考核、培训等工作，确保人事服务的顺利进行。
行政科: 执行财务制度，协调后勤服务，保障领导的交通和医疗需求，管理机关资产和建设。
保卫科: 负责安全保卫，确保机关安全，协助公安部门处理安全事务，维护机关秩序。
离退休人员管理科: 关注退休人员的组织管理，落实政治生活待遇，组织活动，提供生活和医疗支持。
电子政务中心: 规划和推广电子政务，管理网络运行，建设和维护政府办公信息资源。
机关后勤服务中心: 提供车辆服务，确保各级领导和部门的用车需求，管理驾驶员和车辆。