清朝时期，蒙古历史经历了多个阶段的纷争与整合。明末察哈尔部的林丹汗崛起，控制了大漠南北的部落，成为蒙古各部的盟主。科尔沁、喀尔喀等部与女真势力交锋，如万历二十一年（1593年）的科尔沁与女真联军入侵建州事件，最终被努尔哈赤击败。努尔哈赤通过联姻和分化策略，逐渐削弱了林丹汗的势力。天命四年（1619年），后金在辽河战役中打败喀尔喀蒙古，俘虏了重要头领。此后，科尔沁部、扎鲁特部等纷纷归附，蒙古各部落的格局开始发生变化。
天命九年至十四年间，努尔哈赤逐步征服外蒙古各部，如科尔沁的奥巴、喀尔喀的古尔布什等部，通过军事征服和政治联姻，巩固了后金的统治。天聪元年至十年，后金（清朝前期）继续扩展，奈曼、敖汉、喀喇沁等部相继归附，皇太极成为蒙古大汗，改国号为大清，设立蒙古衙门管理蒙古事务。这一时期，清廷对漠北、青海的蒙古进行了有效经略，通过军事行动和政治安抚，稳定了边疆局势。
顺治至乾隆年间，准噶尔部的崛起和清军的平定战争是蒙古历史的重要篇章。准噶尔部的噶尔丹曾入侵漠北和西藏，但最终被清军击败。土尔扈特部的回归，以及清军对准噶尔汗国的彻底平定，标志着清朝对蒙古地区的完全掌控。乾隆时期，土尔扈特部的渥巴锡带领部众回归，清朝对这一重大事件进行了妥善安置，进一步巩固了清朝对蒙古的统治。
清代蒙古分为八旗蒙古、内蒙古与外藩蒙古，实行盟旗制与札萨克制。八旗蒙古于天聪九年（1635年）从八旗满洲中分出，是与八旗满洲、八旗汉军性质相同的军事组织。此后，旗作为行政单位被推广到整个蒙古地区。内属蒙古各旗由朝廷任命官员治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古各旗则由当地的世袭札萨克管理，处于半自治状态。在外藩蒙古，以若干旗合为一盟，设正、副盟长，掌管会盟事宜，并对各旗札萨克进行监管。在中央，则由理藩院统管蒙古事务。