呼伦贝尔市林业局内部设有多个关键职能科室，以确保林业工作的高效运行。
首先，办公室承担着机关的日常管理和协调工作，包括文秘、印信、机要、档案、保密等事务，同时负责全局会议组织和后勤服务。
政治工作办公室则负责党建工作，包括党组织建设、领导班子管理、干部培养、纪检监察等，同时负责林业系统的党纪检查、廉政建设以及内部审计等工作。
在人事科教方面，人事科教科负责机关的人事、劳动、机构编制管理，以及技工学校的运营和林业科技发展计划。此外，他们还负责下岗职工再就业和林业信息网络建设。
在财务管理方面，计划财务科负责全市林业生产计划的编制，资金管理和统计，同时监督基本建设项目的管理。
资源科负责森林资源管理，包括森林采伐限额的编制和监督，森林资源调查，林木采伐许可证发放，以及造林核查和森林分类经营等工作。
林政科主要负责林政管理、林地清查、林权管理，木材运输与销售监管，以及森林法制建设和林业行政执法。
造林治沙科负责植树造林、防沙治沙规划，以及退耕还林还草等工作，指导各类林木培育和病虫害防治。
森林公安局负责森林公安工作的制度制定和执行，森林案件的调查处理，以及森林防火的协调和监督。
森林草原防火预防科和扑救科则分别负责防火政策的实施、预防措施的监督以及火灾的应急响应和扑救。
最后，森林草原防火装备通讯管理科负责无线通讯设备的管理，确保防火工作的有效通讯和物资设备的调配。